Учебный курс разделялся на кадетский (начальный) и гардемаринский. Кадетом можно было пробыть неопределённое число лет, но попав уже в гардемарины, воспитанники проходили курс за 3 года. Табель кадетского курса включал 12 предметов:
Закон Божий;
арифметика;
алгебра;
геометрия;
плоская и сферическая тригонометрия;
история;
география;
русский язык;
иностранные языки;
чистописание;
рисование;
танцы.
Рекомендовалось «из логики сообщить отнюдь не обширные, но вместе и достаточные сведения о понятиях, суждениях». На уроках истории занимались: определением истории у древних и новых народов; исторической критикой; историческими источниками (разделением их на письменные и неписьменные); объяснением преданий, государственных актов древности, летописей; хронологией (формой измерения года у древних народов и связанными с этим затруднениями, средствам избежать таковых).
В курс истории входили также такие дисциплины, как:
археология и статистика;
генеалогия;
геральдика;
нумизматика;
дипломатия;
достоинство и польза греческой истории в политическом, научном и художественном аспектах;
топографическое описание Древней Греции;
мифология;
сравнение законов Ликурга и Солона.
Старший гардемаринский курс отличался необыкновенной сложностью.
Д.И.Завалишин:
«Число учебных предметов было чрезвычайно велико в последний год перед выпуском. Некоторые предметы, даже не входящие в состав собственно морских наук, как, например, артиллерия и фортификация, проходились пространно, как в специальных для этих предметов заведениях. Курс артиллерии был у нас обширен, потому что, кроме полевой и крепостной, обнимал и морскую, которая не преподавалась в сухопутном артиллерийском училище… От воспитанников требовалось… необыкновенно много, так что, не считая иностранных языков, приходилось 22 предмета…»
В обучении иностранным языкам использовался обширный спектр методов: «…сочинять один раз в неделю на заданную тему или писать из головы повествование, избираемое на такой или другой род слога, дабы приучать воспитанников к хорошему выбору слов и выражений»; «изучать историю языка, перемены его, влияние на другие языки»; «составлять обзор жизнеописаний иностранных сочинителей»; «переводить с российского на иностранный остроумные анекдоты или короткие басни»; «3 раза в неделю по получасу надобно употреблять на разговаривание с учениками…»
Летом, в каникулярное время, гардемарины отправлялись в практическое плавание, продолжавшееся посменно два месяца. Ходили на учебных корпусных судах «Малый», «Симеон и Анна» или с эскадрами. Один бывший гардемарин вспоминал, что «плавание ограничивалось только взморьем между Петербургом и Кронштадтом, которое называлось «маркизовой лужей», по имени морского министра маркиза де Траверсе»
