Несмотря на то, что Кокандская автономия представляла собой интересы буржуазии, финансовое положение автономии никогда не было блестящим. Первое время правительство Кокандской автономии существовало на те незначительные средства (несколько сот тысяч рублей), которые были собраны по подписному листу. Но эти средства благодаря высоким ставкам чиновникам правительства Кокандской автономии, были весьма быстро исчерпаны, а новых доходов оно не имело.
К этому времени приезжавший в Коканд на так называемый «Съезд рабочих и дехканских депутатов», т. Полторацкий, убедившись, что без открытой и решительной борьбы с автономистским правительством, нам не обойтись, национализировал Кокандское отделение государственного банка, где имелись крупные вклады местных капиталистов. Сведения о национализации Полторацким отделения государственного банка быстро разнеслись как по Коканду, так и по другим городам, создавая настроение недовольства слабостью правительства Кокандской автономии. Особенно волновались вкладчики, потерявшие свои капиталы. Сгустившаяся политическая атмосфера разразилась министерским кризисом. Вместо Танышева у власти встало правительство более решительного Мустафы Чокаева.
Как только Мустафа Чокаев очутился у власти, он приступил к проведению внутреннего займа в 30 миллионов рублей (на тогдашние деньги). Заем проводился при помощи решительного административного нажима. Просто на квартиру или в лавку купца или ремесленника являлся кто-нибудь из чиновников и говорил, что он должен подписаться на заем в сумме такой-то, и лавочник выполнял волю начальства, чтобы не навлечь гнев на свою голову. Всякая попытка отказаться от подписки на заем истолковывалась, как сочувствие советской власти и нежелание поддержать правительство.
Но главную и самую трудную задачу для «правительства» представляло формирование вооруженных сил. Никакими национальными кадрами для формирования воинских частей правительство Кокандской автономии не располагало. Кроме того, громаднейшим препятствием в этом отношении являлось распространенное в Туркестане, особенно среди узбеков, отвращение к военной службе. Еще во времена Кокандского ханства в армию отдавали только в виде наказания за различные проступки и преступления, поэтому у населения постепенно сложилось отношение к солдату, как к преступнику, а к военной службе, как к тюремному заключению. Таким образом, для формирования воинских частей правительство Кокандской автономии не располагало ни кадровыми, ни переменным составом.
