Под влиянием протестантской канонической системы Петр начинает «модернизировать» Православную Церковь. В результате чего даже была введена и инквизиция, из которой, к счастью, ничего не вышло. В 1700 году Петр запрещает Патриаршество, которое заменяет Синодом, а в январе 1701 года дом Патриарха, все архиерейские и монастырские дела передает в «монастырский приказ». Этот приказ начинает заведовать монастырскими вотчинами и творить в них суд. Так как протестанты обходятся без черного духовенства, Петр искореняет монашество: повелевает выгнать из монастырей всех послушников; всех проживающих в монастырях девиц, велит выдать замуж и не принимать в монахини женщин моложе сорока лет. Наступает полный запрет монахам вмешиваться в управление монастырских вотчин. Все доходы идут в монастырский приказ. 26 января 1723 году Петр издает Указ, в котором велит «отныне впредь никого не постригать, а на убылые места определять отставных солдат». Эти «европеизаторские» нововведения были настолько разрушительны, что уже к 1740 году Синод серьезно опасается в том, что монашество совсем исчезнет в России.
Помимо этого великорусские архиереи заменялись малороссами, зачастую выходцами из униатов. Один из таких деятелей, назначенный Петром местоблюстителем патриаршего престола, Стефан Яворский, на глазах молящихся содрал венец с чудотворной иконы Казанской Божьей Матери. Яворский утверждал, что иконы — простые доски и неоднократно издевался над Таинством Евхаристии. Другой, Феофан Прокопович, был беглым униатом, учеником иезуитов и протестантов, которого многие современники считали безбожником. Именно его перу принадлежит «Духовный регламент», появление которого протестанты расценили как свою победу над православием. Подписав 25 января 1721 года «Духовный регламент», Петр подчинил православную церковь государству.
Одним махом Петр узаконил упразднение патриаршества, обезглавившее русскую церковь; «обмирщил» русское государство, носившее до той поры религиозный облик. Одним росчерком пера Петр уничтожил все, что было сделано на протяжении веков.
Петр заставляет строить церкви не с куполами, а по европейскому образцу с острыми шпилями. Заставляет по-новому звонить, писать иконы не на досках, а на холсте. Велит разрушать часовни. Приказывает «мощей не являть и чудес не выдумывать». Запрещает жечь свечи перед находящимися вне церкви иконами. А о тех, кто на исповеди признается священникам в недоброжелательном отношении к его замыслам, Петр
