1 марта 1947 года дело Алексея Протопопова-Медера было направлено в Москву в Главное управление НКВД СССР по делам о военнопленных (ГУП-ВИ НКВД СССР)[32] для рассмотрения в порядке надзора. Это было грубым нарушением законности: правом надзора за судебными и следственными делами располагала только прокуратура, но в отношении военнопленных такое за грех не считалось.
Телега советского правосудия медленно катилась по множеству сфабрикованных дел, пока не настала очередь дела Протопопова-Медера. 13 мая 1947 года руководство новосибирской контрразведки получило ответ из Москвы, подписанный полковником Лютым. Содержание ответа вполне соответствовало фамилии полковника:
«Ознакомившись с материалами следственного дела на заключенного Протопопова-Медера А. М. в предъявленном ему обвинении по статье 58-3 УК РСФСР отмечаю, что по делу необходимо провести доследование, а именно установить, когда Протопопов принял австрийское подданство.
Если Протопопов принял австрийское подданство после октября 1917 г., то в этом случае необходимо его состав преступления квалифицировать как измена родине и привлечь к уголовной ответственности по статье 58-1 пункт «б» УК РСФСР[33]. В случае невозможности доказать, что Протопопов принял австрийское подданство после октября 1917 г., необходимо будет перепредъявить ему обвинение по статье 58-4 УК РСФСР, соответственно с этим переоформить следственное дело, после чего направить последнее в военный трибунал. О результатах доследования и решении суда прошу донести в Оперативное управление ГУПВИ».
Это было полнейшее беззаконие. Главное управление МВД СССР по делам о военнопленных, государственный орган, обязанный заботиться о содержании военнопленных в соответствии с нормами международного права, требовал — во что бы то ни стало осудить военнопленного, и предлагал различные рецепты, как это сделать.
Следственные органы МВД СССР не были заинтересованы в установлении истины. Для них было безразлично, какое обвинение будет предъявлено военнопленному. В любом случае наказание было чудовищным по своей жестокости и несправедливости. Такое могло быть только в стране, где царствовал тоталитарный режим.
Через три недели после получения этой директивы из Москвы, 5 июня 1947 года, Алексей Протопопов-Медер был допрошен старшим следователем контрразведки лагеря для военнопленных № 199, куда он был на время переведен. В протоколе допроса говорилось:
«ВОПРОС: Вам вновь предъявляется обвинение по статье 58-1 «б» УК РСФСР, т. е. в измене родине. Признаете себя виновным по предъявленному обвинению?
