К тому времени обе страны были официально протестантскими, но шотландцы в большинстве своем склонялись к пресвитерианству (они не признавали власть епископов и архиепископов), тогда как англичане придерживались епископальных традиций англиканской церкви. По мнению шотландцев, епископальная система управления имела много общего с римско-католической церковью, и они не желали мириться с властью епископов и архиепископов, которая противоречила шотландской традиции, унаследованной от кельтской церкви.
Отношения между двумя странами оставались напряженными до тех пор, пока в период правления Карла I пресвитерианцы не подписали хартию. Это произошло в Грейф-райарз Киркйард в Эдинбурге. Документ стал известен под названием «Ковенант», и в нем все подписанты клялись «защищать от короля веру своих предков».
Шотландские сторонники «Ковенанта» дважды организовывали военные походы на юг, и именно во время второго похода их лидеры, действовавшие от имени Эдинбургской дожи св. Марии, инициировали сэра Роберта Морея. В конечном счете, король Карл I прибыл в Эдинбург, пытаясь помириться с шотландцами и заключить союз против своих новых врагов, Оливера Кромвеля и английского парламента.
После того как Карл I проиграл войну и лишился головы, шотландцы предложили корону его сыну, тоже Карлу — с условием, что он подпишет «Ковенант», что он с неохотой сделал 21 мая 1650 года. В ответ Оливер Кромвель вторгся со своей армией в Шотландию, чтобы наказать сторонников «Ковенанта» и их короля. При поддержке генералов Монка и Уэйда Кромвель захватил Шотландию и разорил замки тех, кто поддерживал «Ковенант», в том числе замок Росслин. Он побывал и в часовне Росслин, но, будучи масоном, не тронул ее.
После смерти Кромвеля Монк предложил Карлу английский трон, и Карл II стал королем Шотландии, Ирландии и Англии. Шотландцы направили в Лондон пресвитерианского священника преподобного Шарпа, чтобы напомнить королю о его подписи под «Ковенантом». Однако священник вернулся в Шотландию архиепископом Шарпом, и, воодушевленный обретенной властью, назначил епископов, пытаясь заставить растерянных пресвитерианцев принять принципы англиканской церкви. В 1679 году двенадцать приверженцев «Ковенанта» убили Шарпа, обвинив его в предательстве, и шотландцы снова выступили в поход против англичан. После победы в битве при Лоудон-Хилл они потерпели поражение от герцога Монмутского при Ботуэл-Бридж, и тысяча сторонников «Ковенанта» в течение пяти месяцев содержались в заточении в Грейфрайарз Киркйард, где была подписана хартия. Условия содержания пленников были ужасными, и многие из них умерли. Остальных продали в рабство в Америку.
