Командиром Херсонского порта Потемкин временно назначил только что произведенного в капитаны 1-го ранга Марко Ивановича Войновича, «известного храбростью и честностью, командира строившегося корабля «Слава Екатерины» (историк А. Соколов).
Канцелярская работа в конторе Марко Ивановичу, боевому офицеру, была тягостна, он даже слегка посетовал на свою участь в письме графу Чернышеву: «Вашему Сиятельству небезызвестно, что я определен командиром на корабль «Слава Екатерины», который однако ж еще на берегу; сверх того сижу здесь и за красным сукном подписываю указы, определения, промемории и кладу резолюции, да и разные подряды делаю; и хотя я никогда не думал матросскую свою любезную должность мешать с приказными хлопотами, но вижу, хотя и скучно, но не дурно знать, как поворачивать нашею братиею. Однако ж, со всем тем с нетерпеливостью ожидаю своего приемника капитана над портом, чтоб паки о любезном своем ремесле думать, к коему привык и которое для меня столь лестно».
На счастье Марко Ивановича, в конце июля его в Херсонском порту сменил прибывший по именному указу императрицы капитан 1-го ранга А.П. Муромцев. Войнович вернулся на прежнюю должность и принял участие в спешной достройке своего корабля – и 16 (27 по новому стилю) сентября в торжественной обстановке 66/68-пушечная «Слава Екатерины» была спущена на воду.
Но еще в начале месяца в городе стала распространяться чума. Интенсивность эпидемии в Херсоне была пока незначительной, но вице-адмирал Клокачев уже не решался отправлять корабль «Слава Екатерины», дабы исключить возможность занесения чумы в Севастополь.
В городе и на верфях был установлен карантин. Начали проводиться примитивные профилактические мероприятия. Эпидемия усиливалась. Несмотря на сложную военно-политическую обстановку, требовавшую продолжения строительства кораблей, Клокачев в октябре дал указание полностью прекратить работы и все силы бросить на борьбу с чумой. Однако вскоре после этого он сам скончался от болезни.
С прекращением работ все команды были выведены в степь. При катастрофической нехватке лекарей их функции принимали на себя командиры.
Доктор Э.В. Дримпельман ярко живописал картину происходившего: «Команда наша, пробыв в дороге целых два месяца и пройдя от Петербурга 1800 верст, прибыла наконец в Херсон. Уже за несколько верст до самого города дым и пар, застилавший на большое пространство небосклон, не предвещали ничего хорошего. Чем дальше мы подвигались, тем грознее становилось зрелище. Повсюду нагроможденные кучи всякого мусора, который надо было поддерживать в постоянном горении, чтобы посредством дыма и пара сколько-нибудь отнять у зараженной атмосферы злокачественную силу. Но все это нисколько не помогало: чума продолжала свирепствовать среди несчастного населения Херсона.
