Еще на пути в Астрахань, 29 августа, Войнович получил от князя Потемкина повеление приехать в Санкт-Петербург для принятия наставлений в дальнейших действиях. Марко Иванович явился к Потемкину 19 декабря и был принят хорошо, а 25 января пожалован от государыни бриллиантовым перстнем. Посланец Ага-Мохаммед-хана прибыл в Петербург незадолго до приезда в столицу графа Войновича, но не был допущен на аудиенцию и, прождав 4 месяца, получил 11 апреля ноту следующего содержания: «Как Высочайший Императорский Всероссийский Двор не может признавать Агу-Магомета-Хана, управляющего в Астрабаде и Мазандеране, законным того края обладателем, то и не почитает обязанностью входить в какие-либо сношения с находящимся здесь поверенным его. Недостойный поступок сего Аги против флотского Российского начальника умножает сие неудобство и самую при том опасность строгого ему возмездия, буде опытами совершенного усердия не потщится, как он, Ага-Магомет-Хан, так и прочие владельцы, загладить дерзновенный свой поступок».
Все суда эскадры Войновича (через один год службы их и через четыре от постройки!) оказались практически сгнившими. По крайней мере, Войнович, тотчас же по возвращении его в Астрахань, вероятно получив новые приказания, хотел послать в Астрабад два фрегата и два бота, но за неспособностью судов не мог этого сделать, и едва могли снарядить туда один фрегат с двумя ботами из остававшихся в Астрахани. Капитан-лейтенант Баскаков был послан для продолжения переговоров об устройстве фактории; по журналам видно, что в течение зимы к нему часто приезжали туркменские и персидские старшины. Вследствие этих переговоров цель экспедиции была все-таки достигнута: фактория в Астрабадском заливе через год возобновилась – уже весной 1783 года сюда прибыли 50 русских купцов, и сам Ага-Мохаммед-хан принял участие личным капиталом в организованной русско-персидской торговой компании. (Фактория успешно действовала вплоть до 1921 года, когда ее передали Персии уже советские власти, «не желая пользоваться плодами захватной политики бывшего Царского Правительства России».)
С этой поры на Каспийском море, при устье Волги, уже постоянно содержалась значительная эскадра «для покровительства нашей коммерции и содержания в обузданности Ханов, коих владения лежат на берегу Каспийского моря» (Инструкция князя Потемкина Главнокомандующему на Кавказе генералу графу Гудовичу). Одно из судов эскадры, фрегат обыкновенно, и при нем бот занимали постоянный пост в Астрабадском заливе, а в Энзели была основана русская колония.
