Комиссары, как политработники Красной армии и структурно являлись номенклатурными работниками ЦК ВКП(б) и функционировали в качестве отдела ЦК партии в РККА и РККФ. Их руководитель — начальник Главного управления политической пропаганды, член ЦК ВКП(б), армейский комиссар 1 ранга Запорожец действовал на правах секретаря ЦК ВКП(б). Возглавлял карательные органы страны Л. П. Берия. С тех пор, как товарищ Сталин задумал восстановить институт комиссаров в армии, о чем сказал на одной из встреч с Маршалом Советского Союза Б. М. Шапошниковым, в армии и карательных органах произошли существенные изменения. С согласия Сталина карательные органы уже были над армией, над флотом, и даже над рядом структурных подразделений ЦК ВКП(б). Сам Лаврентий Павлович в связи с главной задачей «выявления врагов народа» стал самым близким советником по этим проблемам у вождя партии и государства Иосифа Виссарионовича Сталина. А его политработники наряду с сотрудниками органов внутренних дел в армии и на флоте стали надежной опорой в выявлении тех самых невероятно «многочисленных» «врагов».
19 апреля 1943 года понадобилось Управление особых отделов (ОСО) НКВД преобразовать в Главное управление контрразведки (ГУКР) «Смерш» в составе Наркомата обороны. Предполагалось, что структура будет исходить из принципа: смерть немецким шпионам, но Сталин потребовал смерти для всех шпионов. Так что главным объектом «Смерша» стал «враг внутренний».
Но и эта структура, как большинство советских карательных структур, строилась как государство в государстве. К примеру, старший оперуполномоченный полка подчинялся не командиру полка, а начальнику «Смерш» дивизиона, тогда как начальник главного управления контрразведки и одновременно заместитель наркома обороны Абакумов подчинялся напрямую только Верховному главнокомандующему И. В. Сталину. По штату в дивизии предусматривалось иметь 21 смершевца (включая начальника и зама, шифровальщика, коменданта и следователя, да еще взвод охраны) Армия содержала 400 сотрудников «Смерш»; к тому же была агентура — по человеку на отделение, а, следовательно, по 30 стукачей на батальон. Благодаря стараниям вездесущих стукачей, выполнявших и перевыполнявших план по сдаче врагов, каждый, кто высказался хорошо о немецкой храбрости или о качественных параметрах немецкой техники, становился «шпионом, сеявшим пораженческие настроения». К шпионам причислялись и те, кто читал вслух письма из дома (в которых даже после обязательной перлюстрации содержались тягостные известия о голоде и лишениях). «Паникером», «предателем», «шпионом» мог стать любой — от солдата до офицера.
