Политическая власть Иерусалима до царя Ирода Агриппы не принимала участия в гонениях на христиан. Но в 42 г. ставший царем Ирод Агриппа, желая угодить своему народу, в 44 г. начал преследовать христиан. По его приказу был казнен Апостол Иаков Зеведеев и схвачен Апостол Петр. Но в ночь перед казнью Ангел Господень освободил Петра, который, попросив уведомить об этом Иакова и остальных братьев, покинул Иерусалим.
Эта просьба Апостола Петра фактически свидетельствует о превосходстве авторитета св. Иакова среди бывших в Иерусалиме апостолов, а следовательно, о занятии им уже к 44 г. места епископа Иерусалимской Церкви.
В 49 г. в Иерусалиме собрался первый в истории христианской Церкви Собор, известный как Апостольский. Собор состоял из апостолов и пресвитеров, а его председателем, согласно древнему церковному преданию, был святой Иаков, брат Господень. Апостолы единогласно заявили о нецелесообразности наложения на язычников соблюдения ветхозаветного закона.
Видя все возрастающий успех христианской проповеди, иудеи, воспользовавшись отсутствием в городе римского прокуратора Альбина, в 62 г. схватили Иакова, брата Господня, и, обвинив его в богохульстве, приговорили к смерти через побиение камнями.
Спустя почти четыре года после этого в Иерусалиме вспыхнуло восстание. Римляне решили подавить его с помощью огня и меча. Христиане, воспринимавшиеся римлянами как некое ответвление иудаизма, уничтожались наравне с взбунтовавшимися иудеями. Иерусалимская община, во главе которой стоял св. Симеон, покинула город и переместилась в Пеллу — один из немногих городов, которые оставались верными римским властям на протяжении всего иудейского восстания. В 70 г. сын императора Веспасиана Тит разрушил до основания Иерусалим и храм. Церковная жизнь здесь практически угасла.
На обосновавшуюся в Пелле иерусалимскую общину очень быстро обрушилось двойное гонение: со стороны римлян и непримиримых иудействующих христиан. Поскольку усилиями и старанием св. Симеона Иерусалимская Церковь все больше приумножалась населявшими город язычниками, очень скоро, из-за упрямства иудействующих, в христианской общине произошел конфликт. Предводителем иудействующей части христиан был Февуд, притязавший на епископский престол. Отделившись от иерусалимской общины, он образовал ряд «иудейских» ересей. Именно эти еретики при каждой возможности доносили римлянам на христиан. По их доносу в 107 г. в возрасте 120 лет был арестован и распят св. епископ Иерусалимский Симеон. По причине гонений восходившие после него на Иерусалимский престол епископы не управляли Церковью подолгу. Несмотря на то, что центр Иерусалимской общины пребывал в Пелле, ее епископы не переставали именоваться Иерусалимскими.
