Во время Второй мировой войны, после изгнания британцами войск режима Виши из Сирии и Ливана, была провозглашена независимость этих государств, установивших дипломатические отношения с СССР. АПЦ также активно поддерживала контакты с РПЦ и Советским Союзом. 17 июля 1948 г. в Москве вновь открыли закрытое в 1929 г. Антиохийское подворье, разместившееся в храме св. Архангела Гавриила и великомученика Феодора Стратилата в Телеграфном (ныне Архангельском) переулке.
После кончины Патриарха Александра III (1958) на Антиохийский престол был избран старейший по хиротонии архиерей, Феодосии VI. В 1970 г. Предстоятелем Антиохийской Церкви становится Илия IV. Новый Патриарх приложил много усилий для укрепления единства епископата, клира и мирян. Одной из труднейших задач была проблема централизации церковного управления;
в 1972 г. был принят новый, ныне действующий Устав Антиохийской Православной Церкви. Укрепляя связи с православной арабской диаспорой, Илия IV посетил Северную и Южную Америку и другие страны. Выступление Патриарха на мусульманской конференции в Лахоре (Пакистан) вызвало большой резонанс среди арабов-мусульман, называвших Илию «Патриархом арабов». У многих осталось в памяти его обращение к верующим во время зарубежных поездок: «Антиохия — это вы! Вы — Антиохия!» Патриарх скоропостижно скончался в 1979 г. в возрасте 65 лет. В Ливане шла гражданская война, и промедление с выбором его преемника? могло привести к непредсказуемым последствиям, и уже 2 июля 1979 г. Священный Синод избрал нового Патриарха. Им стал одаренный и деятельный митрополит Лаодикийский (с 1970 г.) Игнатий.
В 1942 г. он был одним из организаторов православного молодежного движения, которое развивалось в Ливане и Сирии во время Второй мировой войны. В 1962 г. епископ Игнатий возглавил богословскую школу при Баламандском монастыре. Под его патронатом вскоре здесь было создано богословское училище.
Под руководством Патриарха Игнатия в Антиохийской Церкви прошли реформы, способствовавшие обновлению монашеской жизни, построено много новых монастырей и храмов, возобновлены и открыты древние обители. Важнейшим его успехом стало открытие при Баламандском монастыре первого на Востоке Православного университета.
В течение последних 20 лет Патриарх Игнатий активно развивал контакты с различными Православными Церквами, а также с христианскими Церквами, которые не находятся в единстве с Православием. Еще в качестве митрополита Лаодикийского он способствовал основанию (и ныне является сопрезидентом) Совета Ближневосточных Церквей, состоит постоянным членом центрального комитета Всемирного Совета Церквей. Большое внимание Патриарх уделяет проблеме примирения между АПЦ и отделившимися от нее Церквами. Его усилия были особенно плодотворны в области отношений с нехалкидонской Сирийской Православной Церковью.
