Христиане в покоренном Египте сохранили свободу вероисповедания. Патриарх Кир умер еще до сдачи Александрии (весной 642 г.), а избранный его преемником Петр, также монофелит, покинул Египет вместе с византийской армией и скончался в Константинополе около 654 г. После него преемство православных Александрийских Патриархов прервалось более чем на 70 лет.
В 731 г. при халифе Хишаме, достаточно благосклонно относившемся к немусульманам, православным Египта было позволено восстановить пост Александрийского Патриарха. Новоизбранный Патриарх Косма, хотя и был неграмотным ремесленником, не искушенным в политике, сумел добиться у халифа возвращения православным многих церквей, захваченных коптами после ухода византийцев.
При халифе аль-Мутаваккиле (847–861) христианам пришлось пережить тяжелое гонение. Мусульмане подвергали разрушению церкви, запрещали совершать богослужения и таинства.
В конце IX — первой половине Х в. халифат пришел в упадок. В числе прочих провинций Египет вышел из повиновения халифу и превратился в самостоятельное государство. В 969 г. Египет, а также Палестина и Южная Сирия были завоеваны шиитской династией Фатимидов, создавшей свое государство. Первые Фатимиды проявляли редкую веротерпимость.
Но с 1003 г. халиф аль-Хаким развернул жесточайшие гонения на христиан. Каждый год его правления был отмечен массовыми погромами церквей и христианских кварталов, осквернением кладбищ. В 1008 г. халиф запретил христианам праздновать Вербное воскресенье, а позже — и Крещение Господне. В 1014 г. начался массовый исход христиан в византийские владения. Из оставшихся в Египте немусульман значительная часть приняла ислам, хотя многие делали это неискренне.
Следующий халиф — аз-Захир (1021–1035) отменил все ограничения, наложенные на немусульман. Православные получили возможность избрать нового патриарха и епископов, которых лишились во время гонения. Христиане, ранее бежавшие из Египта, возвращались обратно, восстанавливали разрушенные храмы, со всей пышностью отмечали церковные праздники, и даже те, кто был насильственно обращен в ислам, безнаказанно возвращались в христианство.
С появлением на Ближнем Востоке крестоносцев, вытеснивших из Палестины ослабевших фатимидов и образовавших там христианские государства, Египет на два столетия стал передним краем борьбы мусульманской и католической цивилизаций. Несколько раз крестоносцы предпринимали попытки овладеть Египтом.
