Наиболее авторитетная традиция приписывает основание Александрийской Церкви св. апостолу Марку. Это могло произойти в 39–40 г.г. Он благовествовал в Египте, Фиваиде и Пентаполе, основал много церквей в Александрии и мученически завершил там свой земной путь по одним сведениям в 62 г., по другим — в 68 г. Его тело было погребено в церкви Букола. В этой церкви впоследствии у гроба апостола обретали упокоение его преемники по Александрийской кафедре. Это место привлекало к себе множество паломников. В 828 г. венецианские купцы тайно изъяли мощи апостола и перевезли их в Венецию.
Первоначально юрисдикция Александрийской Церкви распространялась на Египет и часть Северной Африки, входившей в Римскую империю. В первые века христианства православные в Египте претерпели гонения от римских императоров. В 202 г. император Септимий Север посетил Палестину, после чего стал гнать христиан. Следующий император Деций также преследовал христиан. Другой император, Валериан, сначала благосклонно относился к христианам, но в последние годы своего правления (257–260 г.г.) стал их преследователем. Но его сын Галлиен в 260 г. прекратил гонения.
Но уже при императоре Диоклетиане в 303–304 г.г. Православной Церкви вновь пришлось пережить гонение. Во II–III в.в. Александрийская Церковь знала немало мучеников и исповедников за веру Христову, претерпевавших страдания от язычников и местных властей. Среди них — пострадавший в 311 г. предстоятель Церкви святой епископ Петр. И только после того, как император Константин Великий (306–337) издал указ о прекращении гонений на христиан, а в 313 г. был утвержден Миланский эдикт, дающий право исповедовать религию по собственному выбору, Александрийская Церковь обрела мир.
Становление Церкви происходило в противостоянии с разного рода сектами, бытовавшими в многонациональном городе. Эта борьба богословской мысли с ересями привела к сложению в III–IV в.в. Александрийской богословской школы, виднейшими представителями которой были Климент Александрийский и Ориген. В IV–VI в.в. Александрия становится местом жарких богословских дискуссий. До возвышения Константинополя Александрия была главным христианским центром на Востоке, почему его епископы и носили титул «папа».
Арий, уроженец Ливии или Александрии, был рукоположен во дьякона святителем Петром Александрийским и им же отлучен за приверженность к мелитианс-тву. Позже, когда Арий раскаялся, архиепископ Ахилла рукоположил его в сан пресвитера. В Александрии на соборе 320–321 г.г. была осуждена ересь Ария, который утверждал, что Господь Иисус Христос сотворен и не вечен. В 325 г. на Первом Вселенском Соборе в г. Никее Арий был осужден всей Церковью.
