На фоне скандального следствия по «делу Троянова» в Литве также шло и разбирательство со «своими». 26 сентября на основании сведений, представленных литовским спецслужбами, указом министра обороны Литвы был снят с должности командующего ВВС полковник Йонас Марцинкус – в прошлом летчик ВВС Советского Союза, закончивший Ейское ВВАУЛ и освоивший самолеты Су-7, Су-17, МиГ-23 и МиГ-27. Тут надо заметить, что заключение комиссии по расследованию не было обнародовано полностью. Оно содержало в себе секретную часть с 20 пунктами, связанными с недостатками системы ПВО
Литвы. Но все-таки главный для Троянова вывод, сделанный комиссией, заключал ся в том, что в его действиях не было провокационных намерений и случившееся стало следствием «совокупности технических, организационных и человеческих факторов». 6 октября прокуратура Литвы вынесла решение о прекращении досудебного расследования в отношении Троянова, подтвердив непреднамеренный характер нарушения им воздушного пространства Литвы. В тот же день Валерий Троянов вернулся в Россию.
В конце октября российской стороне были переданы и обломки самолета Су-27П, которые были перевезены в Калининградскую обл. Одновременно литовская сторона скрупулезно подсчитала нанесенный ей ущерб от падения на ее территории российского самолета, выразившийся в сумме 67062,88 лита (примерно 19,4 тыс. евро). 8 ноября соответствующая сумма была перечислена Литве Министерством обороны России.
«Разбор полетов»
В период разбирательства в Литве командующий ВВС и ПВО России генерал армии Владимир Михайлов высказывался о майоре Троянове в самом положительном ключе. Мол, «он тянет на героя, потому что проверил ПВО стран Балтии, и она оказалась никудышной». Однако по возвращению Валерия Троянова отношение к нему стало быстро меняться.
25 ноября 2005 г. в авиагарнизоне «Сиверская» председателем государственной комиссии генерал-майором Александром Филипповым был проведен разбор аварии и подведены итоги расследования. Кроме майора Троянова, виновными в аварии были признаны также должностные лица, ответственные за подготовку полета. Всего приказами министра обороны и главкома ВВС были наказаны шесть генералов и 10 старших офицеров. Министр обороны Сергей Иванов предупредил о неполном служебном соответствии командующего 6-й армией ВВС и ПВО генерал-майора Владимира Свиридова и начальника авиации – заместителя командующего армией по авиации генерал-майора Рифа Сахабутдинова. Военный летчик 1-го класса майор Валерий Троянов «отделался» понижением в классности на одну ступень. Однако более значимым наказанием для летчика стал фактически бессрочный запрет на полеты.
