Мюнцер, как мы знаем из дневника его путешествия, был в Лиссабоне с 26 ноября по 2 декабря 1494 г., но он ничего не записал в дневнике о встрече с Бехаймом; по-видимому, тот уже уехал на Фаял.
Бенсауде весьма живо описывает, что письмо Мюнцера, где Бехайма рекомендовали Жуану II как представителя Максимилиана I, было принято с большим вниманием, так как Жуан II старался поддержать с последним хорошие отношения. Поэтому он и послал Бехайма с дипломатическим поручением, как известно из письма Бехайма, «к сыну короля». Но Бехайм, попав в плен к английским корсарам, только весной 1494 г. пробрался во Фландрию. Бенсауде считает, что Бехайм должен был участвовать в переговорах с Филиппом, сыном Максимилиана I, по вопросу о притязаниях последнего на фландрские земли. Однако в договоре, подписанном 23 июля 1494 г., кроме подписей Жуана II, Максимилиана I и Филиппа, имеется только подпись Диогу Фернандеса Кореа, официального представителя Португалии, и, следовательно, Бехайм как официальное лицо не участвовал в этих переговорах (Bensaude, 1912).
Равенстейн предполагает, что Бехайм отправился во Фландрию, чтобы собрать долги с должников своего тестя, губернатора Фаяла, а Жуан II дал ему попутное поручение.
Это письмо Бехайма от 11 марта 1494 г. — последнее известие о нем. Единственное, что мы еще знаем — это дата его смерти: 29 июля 1506 г. (на мемориальном щите, поставленном его сыном в церкви Екатерины, ошибочно указано 29 июля 1507 г.). Умер он в Лиссабоне в госпитале, в нищете и задолжал перед смертью 15 золотых. Смерть его связывают со страшной чумой, которая в 1506 г. свирепствовала в Лиссабоне и ежедневно уносила в могилу несколько сот человек.
Так преждевременно, в возрасте не более 47 лет, погиб этот смелый и энергичный человек, оставивший для потомства столько загадок. Легенды о нем стали слагаться уже значительно позже, в начале XIX в. Для одних М. Бехайм — авантюрист и хвастун, малообразованный, но предприимчивый человек, ловко создавший себе славу мореплавателя и ученого. Для других он известный космограф, знаток навигации, географ и один из крупнейших деятелей португальского мореплавания, спутник и навигатор Д. Кана. Ему даже приписывают еще более замечательные деяния: он будто бы до Колумба обосновал гипотезу о том, что можно легко достичь Китая, отправившись на запад через Атлантический океан; Колумб-де встречался с ним в Лиссабоне и заимствовал у него идеи. Больше того, некоторые считают, что Бехайм первый достиг Америки на португальских кораблях таинственной экспедиции 1486–1487 гг., отправившейся с Азорских островов для поисков легендарных «Семи островов». Так утверждает колумбист кристической школы Виньо (Vignaud, 1911). Наконец, уже в середине XVI в. спутник Магеллана Антонио Пигафетта сообщил, что Магеллан еще до своей экспедиции видел карту, изготовленную Бехаймом, на которой нанесен был пролив «а юге Южной Америки. Это сообщение неоднократно повторялось и послужило для обоснования гипотезы о том, что Бехайм первый открыл Магелланов пролив и что этот пролив надо бы называть Fretum Bohemicum (Богемский пролив).
