Уже в Павии Мюнцер приобретал много книг, чтобы увезти их с собой в Нюрнберг. В книге Аристотеля «О животных», изданной в Венеции в 1476 г., на форзаце он написал: «В рождество 1476 г. в последние дни декабря пайщики нашей вечеринки занимались различными играми… и розыгрышами, в результате которых я получил эту превосходную книгу».
Мюнцер отмечает в этой записи, что университет покровительствует студентам германской нации, занимающимся в Павии.
Из Павии Мюнцер вернулся в Германию, но теперь уже в Нюрнберг — большой торговый город, лежащий на путях из Германии в Италию. Здесь он мог найти более надежный заработок, чем в маленьком Фельдкирхе. Вероятно, ему помогли и Тетцель и другие его нюрнбергские знакомые, ибо уже 16 мая 1478 г. городской совет Нюрнберга разрешил докторам Иерониму Мюнцеру и Иоганну Финку врачебную практику, а в 1479 г. поручил им составить заключение: не опасен ли для здоровья новый способ приготовления вина (путем его насыщения серой). Записки Мюнцера и Финка сохранил для потомства Хартманн Шедель, нюрнбергский гуманист, о котором мы еще будем говорить. Заключение Мюнцера переполнено цитатами из знаменитых медицинских произведений Галена, Авиценны, Авер-роэса, Плиния, Маймонида, Серапиона и многих других и особенно из Аристотеля. Мюнцер приходит к выводу, что огненная природа серы нарушает «гуморы» человеческого тела и поэтому примесь ее в вине вредна.
29 февраля 1480 г. Мюнцер, внеся 10 гульденов, приобретает права нюрнбергского бюргера. Теперь он уже прочно осел в Нюрнберге. 3 июля Мюнцер женится на девушке из хорошей бюргерской семьи Доротее, дочери Ульриха Киффхабера. Вскоре он обзаводится собственным домом.
В 1483 г. в Германии вспыхнула эпидемия чумы. Городской совет Нюрнберга обратился к врачам с просьбой указать средства, способствующие предохранению людей от заражения. Врачи — братья Шедель (Герман и Хартманн), Иоган Крамер и Иероним Мюнцер, собравшись на консилиум, составили записку, копию которой заботливый Хартманн Шедель также сохранил в своих документах. Врачи писали: «Во-первых, все светила медицины советуют бежать своевременно из города или местности, где свирепствует чума, уехать подальше и затем медленно возвращаться обратно, ожидая, пока ядовитый воздух хорошо очистится». Тем, кто не может бежать, врачи рекомендуют держать в чистоте комнаты, принимать противочумные пилюли, конфеты, порошки и питье против чумы, которые изготовляют аптекари.
