Вернувшись из-за границы, Капустин продолжал много работать и в 1865 году защитил докторскую диссертацию на тему «Общие явления истории права в Западной Европе». Тогда же его утвердили в звании ординарного профессора. В 1867–1868 годах Михаил Николаевич избирался судьей университетского суда.
За год до избрания судьей в 1866 году Капустин едва не поплатился своей так успешно начавшейся карьерой. Ему грозило даже судебное преследование. Дело заключалось в следующем. В Приложениях к Московским университетским известиям была опубликована работа одного из учеников Капустина, выпускника юридического факультета А. Ф. Кони, «О праве необходимой обороны». В ней автор «крамольно» рассуждал о том, что необходимую оборону можно применять как против должностных лиц, злоупотребляющих своей властью, так и против правительства, если оно нарушило права, действительно принадлежащие народу. В результате разгоревшегося скандала, министр народного просвещения сделал Капустину замечание.
Однако Капустин и сам вскоре проявил характер. После выстрела Каракозова в царя (4 апреля 1866 года) в стране были закрыты некоторые журналы, усилен надзор за печатью. Повелось наступление и на высшую школу. В 1868 году Михаил Николаевич вместе с группой профессоров вышел в отставку в знак протеста против нарушения университетского устава. Почти два года он находился не у дел.
В 1870 году Капустина назначили директором Ярославского лицея. Основан он был еще в 1805 году на средства П. Г. Демидова и поэтому получил название Демидовского высших наук училища, а в 1833 году преобразован в Демидовский лицей. Незадолго до прихода Капустина ему придали характер юридического лицея, но находился он в крайне запущенном, можно даже сказать, критическом состоянии. За те 13 лет, что Михаил Николаевич Капустин руководил лицеем, он превратил его в одно из лучших и крупнейших в России высших юридических учебных заведений. С 1880 года он стал считаться лицеем с университетским курсом. Как писал профессор В. В. Соколовский, Капустин сумел сгруппировать вокруг себя «молодые ученые силы и сразу поставить преподавание в лицее на уровень современных требований».
С 1883 по 1890 год М. Н. Капустин был попечителем Дерптского учебного округа. С ноября 1890 года и до конца жизни он занимал пост попечителя Санкт-Петербургского учебного округа. В 1891 году одновременно был и членом совета Императорского училища правоведения. Читал лекции по международному праву великому князю Николаю Александровичу (будущему императору Николаю II), а позднее занимался с великим князем Георгием Александровичем.
