Судебные его речи всегда отличались высоким психологизмом, основанном на почве всестороннего изучения индивидуальных особенностей каждого преступного деяния. Он старательно выяснял характер обвиняемого и только составив ясное представление о том, «кто этот человек», представший перед судом, переходил к изысканию мотивов совершения преступления. Своими четкими, продуманными вопросами, он как бы анатомировал людей и заставлял их полностью раскрываться. Мотивы преступления, как признак, свидетельствующий о внутреннем душевном состоянии человека, всегда получали в глазах Кони особенное значение. Он заботился не только об установлении юридической, но и нравственной ответственности подсудимых. Сама форма речей Кони была проста, в ней не присутствовали никакие риторические украшения. Отношение его к подсудимым и вообще всем участникам процесса было гуманным и доброжелательным. Ему были чужды злоба или ожесточение. В то же время это не было проявлением слабости или безволия. Из его уст нередко звучала суровая оценка деяниям и лицам. Но как никому другому ему было присуще чувство меры. К. К. Арсеньев отмечал, что дар психологического анализа соединен в нем с темпераментом художника. Своими речами Кони не столько увлекал, сколько убеждал, причем в его речах присутствовали красивые сравнения, обобщения, меткие замечания.
Впоследствии Анатолий Федорович писал: «Через 48 лет по оставлении мною прокурорской деятельности, я спокойно вспоминаю свой труд обвинителя и думаю, что едва ли между моими подсудимыми были люди, уносившие с собою, будучи поражены судебным приговором, чувство злобы, негодования или озлобления против меня лично. В речах моих я не мог, конечно, оправдывать их преступного дела и разделять взгляд, по которому все понять — все простить, или безразлично „зреть на правых и виноватых“. Но я старался понять, как дошел подсудимый до своего злого дела, и в анализ совершенного им пути избегал вносить надменное самодовольство официальной безупречности».
Деятельность Кони в качестве прокурора Санкт-Петербургского окружного суда была многообразной и разносторонней. Она не ограничивалась лишь участием в судах. Он умело руководил подчиненным ему аппаратом. Анатолий Федорович впервые стал практиковать проведение в своей «камере», то есть кабинете, «вечерних заседаний», на которые приглашал подчиненных. Вначале это вызывало недопонимание и даже протесты некоторых его товарищей, так как они считали, что незачем тратить время там, где все вопросы могут разрешаться единоличной властью. Вскоре полезность таких совещаний стала для всех очевидной. На них вырабатывались положения, опираясь на которые товарищи прокурора давали единообразные заключения в распорядительных и судебных заседаниях. Да и сам окружной прокурор не раз заявлял в суде, что его мнение «подкреплено постановлением общего собрания товарищей».
