Однако Анатолий Федорович и не предполагал, что именно эта научная работа может поставить под сомнение всю его дальнейшую карьеру. Сам он тогда чуть не угодил под суд. А случилось вот что. Свою первую диссертацию Анатолий Федорович готовил очень тщательно. Он взял малоизученную тему: «О праве необходимой обороны». Впоследствии Кони писал, что, собрав необходимый материл, он «засел за писание и проводил за ним почти все вечера, памятные мне и до сих пор по невыразимой сладости первого самостоятельного научного труда». Работа оказалась настолько глубокой, интересной и незаурядной, что ректор университета профессор С. И. Баршев даже предложил Кони читать вместе с ним курс уголовного права. Это открывало путь к заграничной командировке, возможности обучению в лучших иностранных университетах, подготовке магистерской и докторской диссертаций. Тем не менее Анатолий Федорович от столь лестного предложения отказался, считая себя недостаточно подготовленным для чтения лекций своим вчерашним товарищам. Труд Кони, по постановлению университетского совета, был опубликован в декабре 1865 года в первом томе Приложения к Московским университетским известиям. Вскоре в Главное управление по делам печати поступил донос из Министерства внутренних дел о том, что в диссертации Кони содержится «явная крамола», так как автор допускает возможность применения права необходимой обороны «против лиц, облеченных властью». Главное управление по делам печати завело «дело» на молодого юриста, которое с согласия министра внутренних дел передало в Министерство народного просвещения. С Кони беседовал исполнявший должность министра И. Д. Делянов. Однако на этот раз власти решили не поднимать шума. Они посчитали неудобным возбудить уголовное преследование, так как тираж книги был мизерный, всего 50 экземпляров. Анатолию Федоровичу было сделано устное внушение, а его куратору, профессору М. Н. Капустину — объявлено замечание.
В июне 1865 года Кони был причислен в качестве счетного чиновника к Государственному контролю, но уже 30 сентября того же года его перевели в Главный штаб с назначением состоять «для юридических занятий» и присвоили чин коллежского секретаря. Этот день и считается подлинным началом служебной деятельности Анатолия Федоровича. Несколько месяцев спустя, в апреле 1876 года, его назначили на должность помощника секретаря Санкт-Петербургской судебной палаты, а 23 декабря того же года он стал секретарем при прокуроре Московской судебной палаты Д. А. Ровинском.
