После этого Хуссейни разработал и продвигал «Операцию Атлас», целью которой было отравление источников вод в центре Палестины; если бы этот план был реализован, могло погибнуть до 250 тыс. человек. Германские и арабские парашютисты, несущие десять резервуаров с белым мышьяком, были сброшены в районе Иерихона. В каждом резервуаре было достаточно яда, чтобы погубить 25 тыс. человек. Операция провалилась на стадии осуществления, поскольку некоторые исполнители были схвачены британской контрразведкой.
Аль-Хуссейни несет непосредственную ответственность за гибель сотен тысяч евреев Венгрии. Он оказал сильное давление на немцев и венгров, чтобы те выделили немалые средства на критическом этапе войны на полное уничтожение венгерских евреев. Аль-Хуссейни удалось убедить их, и в мае 1944 г. начались депортации венгерских евреев в Аушвиц. Аль-Хуссейни обратился также к правительствам Италии и Болгарии с просьбой отменить разрешения на эмиграцию, выданные евреям, а вместо этого переселить их в Польшу, что означало передать их в руки нацистов. Когда Хуссейни узнал о намерениях венгерского правительства позволить 900 еврейским детям бежать от нацистов в Землю Израиля, муфтий потребовал отказаться от этого решения, подчеркнув, что помощь арабов в войне важна для нацистов. Его старания увенчались успехом, и дети были депортированы в лагеря уничтожения в Польше.
Аль-Хуссейни не был единственным заметным лидером палестинских арабов, сотрудничавшим с нацистами. Так же вели себя другие видные фигуры, такие как Расам Халеди, Джамаль Хуссейни, Вацфи Камаль и т. д. Документы высшего германского командования в Фаленсбурге показывают, что Великое арабское восстание, инициированное Аль-Хуссейни в 1936-39 гг., стало возможным благодаря деньгам, переданным в его распоряжение нацистской Германией. Аль-Хуссейни стоял во главе Высшего арабского совета во время восстания, и был виднейшим представителем арабов на Комиссии Пиля. В ходе восстания погибло примерно 400 евреев, 200 англичан и 5000 арабов, но, хотя число жертв среди арабов было в десять раз больше, восстание можно считать успешным и достигшим своей цели. В ответ на убийства и террор, организованные муфтием, англичане принял Белую книгу Макдональда, которая, по сути дела, была полным отказом от обязательств перед сионистским движением и еврейским народом, взятыми на себя Британией в Декларации Бальфура.
Решение о выпуске этой Белой книги Винстон Черчилль определил, как «второй Мюнхен», уступку угрозам, шантажу и террору. Это была бесплодная попытка успокоить агрессора. «Евреи заставили цвести пустыню, создали ряд процветающих предприятий. Они основали крупный город на пустынном побережье, запрудили Иордан, и получили электричество для всей страны. Арабы не только не подвергались преследованиям, но устремились в страну и умножились в ней так, что даже еврейство всего мира не могло бы поставить туда столько евреев. А теперь нам предлагают приказать остановить все это, положить этому конец. И, что возмущает меня больше всего, нам предлагают уступить перед подстрекательством, финансируемым чужими деньгами, беспрепятственно распространяющим нацистскую и фашистскую пропаганду».
