Решительная битва при Панипате произошла 21 апреля 1526 года. Ибрахим Лоди атаковал. Однако вместо того чтобы обрушиться на врага, передние ряды индийцев, приблизившись к линии обороны моголов, по какой-то причине остановились (произошло это, видимо, из-за неопытности султана, который, по свидетельству Бабура, был никудышным военачальником). Солдаты Бабура открыли беглый огонь из пушек и ружей по скопившимся массам воинов Ибрахима, представлявшим собой прекрасную мишень. Могольская конница атаками с флангов и тыла смяла войска Ибрахима Лоди. Около полудня враг обратился в бегство. Разгром был полным — потери индийцев только убитыми составили около 20 тысяч. Среди павших врагов был опознан труп самого Ибрахима Лоди.
Преследуя отступавшего в беспорядке врага, Бабур 25 апреля занял Дели, а 4 мая вступил в Агру. Победа при Панипате, впрочем, не означала ещё установления власти моголов в Северной Индии. Вся территория к востоку от Агры оставалась в руках независимых афганских военачальников и индийских раджей. В следующие восемь месяцев власть Бабура распространилась от Аттока до Бихара. Мультан также был присоединён к его владениям. Но до полной победы было пока далеко. Два врага, с которыми предстояло бороться Бабуру, чтобы обеспечить себе господство в Индостане, были афганцы и раджпуты. Последние сплотились вокруг раны Санграма Сингха, правителя Мевара.
Между тем положение победителей было очень непростым. В Агре и Дели после занятия их моголами замерла торговля, на базарах исчезло зерно и другие необходимые товары. «Когда мы прибыли в Агру, — рассказывает Бабур, — между нашими людьми и тамошними людьми сначала царила удивительная рознь и неприязнь. Воины и крестьяне тех мест боялись наших людей и бежали… Для нас и для коней нельзя было найти пищи и корма. Жители деревень, из вражды и ненависти, оказывали неповиновение, воровали и разбойничали; по дорогам невозможно было ходить. Мы ещё не успели разделить казну и назначить в каждую область и местность крепких людей; к тому же в том году было очень жарко; люди во множестве разом падали и умирали от действия губительных ветров».
Однако эти трудности не остановили Бабура. Спор между ним и Санграмом Сингхом разрешился 27 марта 1527 года в битве при Кхануа. Так же как в предыдущем сражении, Бабур велел укрепить свои позиции связанными повозками, насыпями и деревянными треножниками. Сражение было упорным, поскольку раджпуты имели численное превосходство. «Центры обоих войск стояли друг против друга, подобные свету и тьме, — пишет Бабур, — а на правом и левом крыле происходила столь великая битва, что на земле возникло трясение, а на вышнем небе раздались вопли… Мрак от пыли собрался в облако и, словно тёмная туча, раскинулся над всем полем битвы… Разящие смешались с поражаемыми и победители с побеждёнными, так что признаки различий скрылись от глаз…» Решающую роль в победе мусульман опять сыграло огнестрельное оружие. «Мухаммад Хумайун бахадур, — продолжает свой рассказ Бабур, — выкатив вперёд лафеты пушек, разбил ряды нечестивых, как и сердца их, ружьями и пушками». Раджпутская конница не смогла устоять против сокрушительного огня моголов и потерпела полное поражение. «Немало убитых пало на поле битвы, — сообщает Бабур, — многие, отчаявшись в жизни, ушли в пустыню скитаний и стали снедью для ворон и коршунов. Из трупов убитых сложили холмы, из голов их воздвигли минареты…» Санграма не смог пережить своё поражение и умер в 1528 году. Избавившись от угрозы со стороны раджпутов, Бабур двинулся на восток против афганцев. В январе 1528 года он взял сильную крепость Чандари, занял Бихар, заставил отступить Нусрат-шаха, султана Бенгалии, и в мае 1529 года на реке Гогре разгромил выступивших против него афганцев во главе с Махмудом Лоди. К 1530 году границы его государства раздвинулись до Бенгалии.
