От завоевания Ирана Тамерлана отвлекли события на восточных рубежах его империи — хан Золотой Орды Тохтамыш напал на Мавераннахр и осадил Бухару. Узнав об этом, Тимур в 1388 году поспешно вернулся в Самарканд. На несколько лет Тохтамыш сделался его главным противником. Изгнав врага, Тимур пошёл на Хорезм, правитель которого поддержал Тохтамыша, взял Ургенч и казнил хорезмшаха. Всех жителей хорезмийской столицы Тимур велел переселить в Самарканд, а сам город разрушить, сровнять с землёй и посеять на его месте ячмень. В 1389 году Тимур совершил грандиозный поход в Могулистан против правившего там потомка Чингисхана Хызр-Ходжи. Разбитые войска последнего он преследовал до берегов Иртыша. В мае 1391 года Тимур переправился через Яик (Урал) и разгромил на реке Кундурче армию Тохтамыша.
1392 год стал началом нового грандиозного похода в Иран, правители которого успели оправиться от прежних поражений. Покорив вновь Мазандаран, Тимур пошёл через горы прямо на Шустер, главный город Хузистана, а потом на Фарс, правитель которого эмир Мансур был разбит на равнине перед Ширазом. Из Ирана армия Тимура в 1394 году двинулась на завоевание Ирака. Текрит и Басра были взяты штурмом, столица Джалаиридов Багдад сдалась без сопротивления. Разгромив непокорных туркмен Кара-Коюнлу, Тимур направился в Армению и Грузию.
На Кавказе он вновь столкнулся с Тохтамышем. В 1395 году через Дербентский проход Тимур вышел в долину Терека и нанёс на его берегах сокрушительное поражение золотоордынским войскам. Окончательно разбитый Тохтамыш бежал. Тимур шёл вслед за ним вплоть до Булгара, захватил этот древний город и разрушил его до основания. Распущенные им отряды повоевали и разорили все владения Тохтамыша от Дона до Днепра. Сам Тимур опустошил Крым, вышел к берегам Азовского моря, а затем поднялся по Дону до границ Рязанского княжества и взял русский город Елец. Но дальше на север он наступать не стал — вернулся в пределы Золотой Орды и учинил на её землях новый разгром. В 1396 году, когда из-за опустошений начался сильный голод, Тимур увёл своё войско в Иран. При этом были угнаны в плен все, кого только удалось захватить. Поход Тамерлана подорвал силы Золотой Орды. Обескровленная и обезлюдевшая, она уже никогда не смогла вернуться к прежнему могуществу.
Зиму 1396 года Тимур провёл в Грузии и совершил ряд походов в пределах этой страны. В июле он вернулся в Самарканд. Весь следующий год прошёл в подготовке к индийской компании, которая началась осенью 1398 года. Перевалив через Гиндукуш, Тимур сделал небольшую остановку в Кабуле и 11 октября форсировал Инд. Вскоре сдался Мультан. Вслед за тем победители подступили к Дели и в начале января 1399 года разгромили под его стенами армию делийского султана Махмуд-шаха II. После этого город сдался и был разграблен. Как обычно, монголы предали десятки тысяч мирных жителей смерти. По свидетельству Гийас ад-дина, «сделанные из голов индусов башни достигли пределов высоты, а тела их стали пищею диких зверей и птиц».
