Между тем как все это происходило в Неаполе, союзные войска в соединении с десантным отрядом, высаженным с английских кораблей, овладели Санто-Эльмским замком, и освободили заложников - последнюю надежду республиканцев. Вслед за тем они осадили Капуа и Гаэту. Но в этот момент лорд Кейт вышел из Средиземного моря в погоню за адмиралом Брюи и звал эскадру Нельсона на защиту Минорки, которой угрожала опасность от оставшихся в Картахене испанских кораблей. Несмотря на предписания лорда Кейта, Нельсон не хотел оставить берегов Италии прежде, чем не возвратит все государство королю, который пожаловал его герцогом Бронтским. Хотя на Минорку не произведено было никакого нападения, однако Адмиралтейство строго порицало Нельсона за его неповиновение лорду Кейту. Притом в Англии все знали, до какой степени Нельсон был подчинен влиянию неаполитанского двора.
Как только Гаэта и Капуа сдались, Нельсон, встревожась своим небрежением к участи Минорки, послал большую часть своей эскадры к Порт-Магону, а сам с королем Фердинандом воротился в Палермо. В то время все главные деятели Республики - генерал Скинани, Спано, Масса и Элеонора Фонсека были уже казнены. Этторе Караффа, Габриеле Мантонэ, Доменико Чирилло, маркиза Сан-Феличе последовали за ними на виселицу, уже после отправления короля. Агенты, которым король передал свою власть, жестоко мстили за непризнание его прав. В несколько месяцев их страшное усердие пролило более крови и стоило более слез, чем сама междоусобная война. Не внимая никаким мольбам, Фердинанд подписывал их ужасные постановления: "Король в душе превосходный человек, - писал Нельсон, - только трудно заставить его в чем-нибудь переменить мнение. Не понимаю, почему манифест о всеобщем прощении, подписанный уже три месяца тому назад, еще не обнародован?.. Нельзя же однако отрубить голову целому королевству, будь оно все составлено из мятежников". Наконец эти наказания приняли такие размеры, что сам капитан Трубридж, корабль которого Нельсон оставил в Неаполе, начал бояться, не слишком ли далеко зашло правительство в возмездии. А между тем, капитан Трубридж, как сам он выражался, "имел сердце не более нежное, чем другие".
Правительственный комитет, учрежденный Фердинандом в Неаполе под названием Королевской Юнты, несмотря на дарованные ему полномочия, не совсем еще был удовлетворен. Он настоятельно требовал удаления кардинала Руффо, утверждая, что кардинал был только помехой к скорейшему восстановлению порядка. Король тогда не имел времени разбирать подобные требования, и юнте пришлось отстранить своими средствами препятствия, чинимые ей кардиналом. Должно быть, она в этом совершенно преуспела, потому что через месяц после отъезда короля в Палермо, Трубридж писал Нельсону, что до 40000 семейств оплакивают каждое хоть одного родственника, заключенного в темницу. "Пора, писал он, - обнародовать всеобщее прощение. Я говорю это не потому, что я думаю, что уже довольно примеров; но судопроизводство здесь так мешкотно, что вместе с преступниками и невинные трепещут при мысли, что им придется так долго ждать приговора в темнице. Имения якобинцев продаются здесь по самой низкой цене, а покупают их, по большей части, королевские агенты".
