В январе 1890 г. с установленных бимсов носовой и кормовой палуб сняли шаблоны и по ним на Невском Механическом заводе начали изготавливать 42 стальных листа броневой палубы (общий вес 81 т).
Официальная закладка состоялась 21 мая 1890 г. одновременно с закладкой на Балтийском заводе броненосного крейсера "Рюрик" и спуском яхты "Полярная звезда" и канонерской лодки "Грозящий". Торжество началось в 11 часов дня с прибытием к эллингу гостей, где их встречали почетный караул, оркестр и моряки 2-го флотского "Ея Величества Королевы Эллинов" экипажа.*
К килю торжественно прикрепили серебряную закладную доску размером всего 9 х 13 см, на которой на одной стороне было выгравировано, что "12-ти пушечный двухъ винтовой корабль "Наваринъ", строящийся в Санктъ-Петербурге на Галерпомъ островке Обществомъ Франко-Русских заводовъ, заложенъ 19 мая 1890 года въ присутствии: Ихъ Императорскихъ Величествъ Государя Императора и Государыни Императрицы, Ея Королевского Величества Королевы Эллиновъ и Его Императорского Высочества Великого Киязя Генералъ-Адмирала Алексея Александровича", а на другой перечислялись все присутствовавшие именитые сановники Морского ведомства и участники строительства корабля. Это были управляющий Морским министерством вице-адмирал Н. М. Чихачев, исполнявшие обязанности командира Санкт-Петербургского порта контр-адмирал Д.К. Шефнер и главного инспектора кораблестроения Н.А. Самойлов, главный корабельный инженер порта старший судостроитель Н.А. Субботин и наблюдающий за постройкой младший судостроитель В.В. Максимов.
Летом 1890 г. корпус довели до жилой палубы. После передачи Обуховскому заводу рабочих чертежей расположения палуб и переборок на нем начали проектировать двухорудийную башенную установку под тридцатипятикалиберные 305-мм орудия. Приняв за основу орудийную установку "Александра II", к февралю 1891 г. завод подготовил свой проект. Недостатком этого проекта оказалось то, что центр тяжести башни отстоял от оси вращения на 1,3 м к лобовой части, что вызывало давление в 47 тонн на вращающие катки и затрудняло наведение. Но, по требованию МТК передвинув в башне некоторые узлы, свели до минимума смещение центра и значительно облегчили наведение орудий.
В это время наблюдающим за изготовлявшимися машинами назначили вернувшегося из дальнего плавания на фрегате "Владимир Мономах" старшего инженер- механика Ф. Сидорова.
Появились и новые изменения в проекте. Сначала решили оставить только одну грот-мачту, подобную одной из мачт, установленных на "Александре II". Изменили сектор обстрела 152-мм орудий. Его определили в 100°, а амбразуры сделали длиной всего 1,1 м. Планируемые к установке подводные минные аппараты заменили на надводные, бронзовые, в яблочных шарнирах, переместив их на жилую палубу за броню верхнего каземата. Изготовить аппараты поручили Обуховскому заводу.
