В ходе предварительного подсчета выяснилось, что в школе находится около 1300–1500 человек, большинство из которых дети. Тем временем российские СМИ огласили совсем другую цифру: около 120 заложников. В первые часы почти никто в России вообще не понимал, что происходило в Беслане. Только к вечеру первого дня, когда в школе счет убитых уже шел на десятки, российские власти официально объявили о том, что чеченские террористы захватили 354 человека и не выдвигают никаких требований.
Тем временем около полутора тысяч человек содержались в тесном спортзале бесланской школы в нечеловеческих условиях. Они были лишены еды, а на второй день — еще и воды. Люди сидели на корточках в душном помещении, температура за окном — около 30 градусов жары. На второй день дети стали пить собственную мочу и есть цветы, которые были принесены на праздничную линейку. Требования террористов — вывести войска из Чечни — властями России игнорировались, а СМИ было запрещено доводить их до сведения общественности.
На исходе вторых суток в зале стали умирать люди. Третьего сентября спецслужбы России предприняли штурм школы № 1. Извне был произведен залп, который и спровоцировал взрыв внутри. После первого взрыва произошло еще несколько сильнейших взрывов. Большинство заложников были тяжело ранены и не могли самостоятельно покинуть здание школы. Одновременно с первым взрывом поразительным образом воспламенилась и крыша спортзала; потолок начал плавиться и гореть, люди вспыхивали, как факелы, и горели заживо. Заложники и эксперты утверждают, что российские военные использовали при штурме огнеметы «Шмель», запрещенные для применения международными конвенциями как оружие, наносящее чрезмерный ущерб и имеющее неизбирательное действие.
Прибывшие через некоторое время пожарные машины так и не начали тушить пожар, сославшись на то, что шланги слишком короткие для того, чтобы дотянуться ими до очага возгорания. Штурмовавшие вели ожесточенный бой с оставшимися в школе боевиками примерно до девяти вечера. Спецназ ФСБ понес рекордные за всю свою историю боевые потери — 12 убитых и около тридцати раненых (и это только по официальным данным), что говорит о невероятно высоком уровне подготовленности террористов. Таких потерь «Альфа» не несла даже при штурме дворца Амина в Афганистане.
После подведения итогов штурма, предпринятого ФСБ РФ, руководство республики объявило о создании нового — дополнительного — кладбища в г. Беслане. Через несколько дней на пустыре за городом было выкопано более 500 могил. Жертв бесланской трагедии хоронили в течение нескольких месяцев, так как часть детей сгорела и от них остались лишь фрагменты, которые идентифицировались по ДНК в 124-й судебно-медицинской лаборатории в г. Ростове-на-Дону.
