На протяжении нескольких лет шло следствие, и постепенно царь Иоанн пришел к выводу, что для борьбы с еретиками необходима специальная организация. Такой организацией и стала опричнина, созданная в 1565 г.
Первая половина 60-х годов XVI в. была временем больших военных и дипломатических побед России. Летом 1561 года шведский король Эрик XIV заключил с Иоанном перемирие на 20 лет, что позволило царю активизировать борьбу с Польшей и Крымом. Русские экспедиционные отряды высалились в Тавриде, вызвав панику при дворах турецкого султана и польского короля.
В том же году Вселенский Патриарх утвердил за Иоанном право на царский титул, позволивший русскому царю говорить на равных со всеми государями Европы. В 1563 году русские взяли важный стратегический пункт — город Полоцк, что открывало дорогу на Вильну — столицу Литовского княжества. Испуганный успехами русского оружия, крымский хан Девлет-Гирей счел за лучшее прекратить военные действия против России и в январе 1564 года присягнул на верность царю.
Иоанн трудился во славу Отечества, стремясь создать великую православную державу, но измена гнездилась среди ближайшего окружения, среди вельмож, самим своим происхождением предназначенных заботиться о благе государства. Царь страдал и с горечью писал: «Ждал я, кто бы поскорбел со мной, и не явилось никого; утешающих я не нашел — заплатили мне злом за добро, ненавистью за любовь».
В конце 1564 года, измученный бесконечными интригами, Иоанн сложил с себя царский венец и покинул столицу в сопровождении избранных по всему государству дворян, детей боярских и приказных людей. Остановившись в Александровской слободе, он прислал в Москву в январе 1565 года два письма, в которых сообщал, что не имеет гнева на простых подданных, но опалился на придворных и вельмож, которые злоумышляли на него и не желали, чтобы он царствовал. Посему царь отказывается от власти и поселится, «где Бог укажет». Народ с ужасом воспринял возможность лишиться законного государя и единодушно потребовал от бояр и митрополита вернуть Иоанна на трон, обещая, что сам «истребит лиходеев и изменников».
Грозному понадобился месяц, чтобы принять решение. Ранее уже говорилось о стремлении удельно-княжеской партии ограничить самодержавную власть в свою пользу. На практике оно означало претворение в жизнь анархических идеалов, гибельных для государства. Иоанн видел эту опасность и был вынужден принять ряд решительных мер для уничтожения политического и экономического значения удельных князей. В начале февраля 1565 года, вернувшись в Москву, царь вновь принял власть и объявил о создании опричнины.
