Однако, в документах того времени нигде не упоминается ни о пытках, ни о казнях. «Политические процессы» обычно оканчивались предупредительными мерами. Опасаясь княжеских измен, царь Иоанн потребовал от вельмож целовать крест на верность. Все присягнули. И тут же бежал за рубеж бывший протеже Адашева князь Дмитрий Вишневецкий, воевода юга России. Трижды предатель, изменив Польше, он теперь изменил России, но, вновь не ужившись с Сигизмундом, бежал в Молдавию и, устроив там неудачный государственный переворот, попал в руки турецкого султана. Вишневецкий был казнен в Стамбуле как смутьян и бунтовщик. Надо ли говорить, что для историков и этот авантюрист есть жертва «московского деспота»? Вслед за ним бежали за рубеж князья Алексей и Гаврила Черкасские.
Новые недовольства князей вызвал царский указ от 15 января 1562 года об ограничении их вотчинных прав, еще больше, чем прежде, уравнивавший их с поместным дворянством. Измена разрасталась, но царь по-прежнему проявлял милосердие каждый раз, когда это было возможно. Дважды пытался бежать за рубеж и дважды был прощен И. Д. Бельский, были пойманы при попытке к бегству и прощены князь В. М. Глинский и князь И. В. Шереметев. Изменили и перебежали к врагу во время боевых действий зимой 1563 года боярин Колычев, Т. Пухов-Тетерин, М. Сарохозин. Вступил в сговор с поляками, но был помилован наместник г. Стародуба князь В. Фуников.
Карамзин и его последователи оправдывали нарушение присяги и бегство к врагу опасением за свою жизнь: «Бегство не всегда есть измена; гражданские законы не могут быть сильнее естественного: спасаться от мучителя…». Не говоря уже о том, что само бегство было следствием сговора с врагом и нарушения присяги, действительно ли все эти беглецы были вынуждены спасать свою жизнь? Мы уже видели, что наказание перебежчикам, попавшимся к нему в руки, Иоанн ограничивал опалой или ссылкой. Но, может быть, кто-то пострадал от «тирана» более серьезно?
Костомаров повторяет вслед за Курбским рассказ о казни в 1561 году Ивана Шишкина с женой и детьми, тогда как в работе Зимина мы можем прочесть, что через два года после казни, в 1563 году Иван Шишкин служит воеводой в городе Стародубе. Тот же Костомаров, снова ссылаясь на Курбского, сообщает о ссылке и казни князя Д. Курлятева с семьей, но другие источники упоминают лишь об опале.
Уже упоминавшийся Иван Васильевич Шереметев, по Карамзину (как обычно вторившему измышлениям Курбского), был закован в «оковы тяжкие», посажен в «темницу душную», «истерзан царем-извергом». Выйдя из тюрьмы, Шереметев спасся, якобы, только тем, что постригся в монахи Кирилло-Белозерского монастыря. Но и там «изверг-царь» преследовал бывшего боярина и выговаривал игумену за «послабления» несчастной жертве. Причитания историографа Государства Российского не имеют ничего общего с истиной.
