В конце 1559 года царь собрался с больной женой (Анастасией Романовой) на богомолье. Сильвестр, как обычно, стал препятствовать поездке царской семьи по монастырям. Тогда произошло решительное столкновение, подробности которого неизвестны. Тринадцатилетнее правление «дуумвирата» близилось к закату. В июле 1560 года А. Адашев был послан в Ливонию третьим воеводой Большого полка. Для честолюбца это назначение было ссылкой. Сильвестр же «добровольно» удалился в Белозерский монастырь.
Однако последний акт драмы был еще впереди. Седьмого августа 1560 года, после длившейся девять месяцев болезни, скончалась любимая всеми, кроме Сильвестра и Адашева, царица Анастасия. Как считал царь (и его подозрения подтвердились современными исследованиями), царица была отравлена. Под подозрение попали временщики и княгиня Ефросиния Старицкая. Для вынесения приговора был созван специальный собор бояр и духовных лиц. Митрополит Иоанн (Снычев) отмечает: «Произведенное дознание показало, что нити заговора тянутся к опальным вельможам — Адашеву и Сильвестру. Смерть царицы, по замыслу отравителей, должна была положить конец высокому положению при дворе ее братьев (Захарьиных), в которых видели опасных конкурентов в борьбе за власть. И снова Иоанн пощадил жизнь заговорщиков. Сильвестр был сослан в Соловки, а Алексей Адашев взят под стражу в Дерпте, где и умер вскоре естественной смертью от горячки, лишив будущих историков возможности лишний раз позлословить о «терроре» и «жестокости» царя».
«Синклит» пал, и боярское правление, наконец, закончилось. Но схватка между державной политикой царя и сепаратизмом удельных князей не затихла, а ожесточилась и привела к открытому политическому противостоянию.
Каким вступил в эту борьбу Иоанн? Мрачным тираном на троне? Деспотом, окруженным всеобщей ненавистью? Вот что писал о своем государе русский современник: «Обычай Иоаннов есть соблюдать себя чистым пред Богом. И в храме, и в молитве уединенной, и в совете боярском, и среди народа у него одно чувство: «Да властвую, как Всевышний указал властвовать своим истинным помазанникам!» Суд нелицеприятный, безопасность каждого и общая, целость порученных ему государств, торжество веры, свобода христиан есть всегдашняя дума его. Обремененный делами, он не знает иных утех, кроме совести мирной, кроме удовольствия исполнять свою обязанность; не хочет обыкновенных прохлад царских… Ласковый к вельможам и народу — любя, награждая всех по достоинству — щедростию искореняя бедность, а зло — примером добра, сей Богом урожденный царь желает в день Страшного суда услышать глас милости: «Ты еси царь правды!»
