Выгодное военно-географическое положение Моонзундских островов определяло их значение для обороны входов в Финский и Рижский заливы и обеспечения активных действий в Балтийском море.
Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. Береговая оборона островов строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либавы и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и Ирбенском проливе.
Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г. и шло усиленными темпами. Вся береговая оборона Моонзундских островов входила в одно соединение — береговую оборону Балтийского района БОБР (с весны 1941 г. им командовал генерал-майор береговой службы А. Б. Елисеев). За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе береговую оборону. К началу Великой Отечественной войны было построено 15 батарей, в том числе три башенные 180-мм, одна 152-мм, восемь 130-мм и три 100-мм. Береговые батареи были хорошо подготовлены для боя с морским противником, но слабо была отработана стрельба в сухопутном секторе.
Предполагалось построить на островах аэродромы для базирования авиации флота. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре.
Сухопутная оборона архипелага, простиравшегося с севера на юг на 150 км и с запада на восток на 110 км, была слабой. Оборона островов возлагалась на 3-ю отдельную стрелковую бригаду, четыре инженерных батальона и различные отдельные части. Строительство инженерных сооружений началось только в мае 1941 г. Гарнизон островов к сентябрю насчитывал около 24 тыс. человек. У защитников островов не было танков, не хватало истребителей и зенитной артиллерии. На Сарема находились пять зенитных батарей, на Хиума — две.
В начале августа 1941 г. на остров Сарема был перебазирован 1-й минно-торпедный полк ВВС КБФ, который нанес ряд ударов по Берлину. В Рижском заливе действовали на коммуникациях противника советские эсминцы, сторожевики, тральщики и торпедные катера.
В связи с предстоящей эвакуацией Таллина 27 августа все остававшиеся в Рохукюля корабли перешли в главную базу. В Моонзунде осталось звено торпедных катеров — 6 единиц, несколько тральщиков и малых судов.
Немецкое командование планировало захватить Моонзундские острова в начале войны путем высадки десанта с материка. Однако упорные бои на таллинском направлении и наличие советских кораблей и катеров в этом районе помешали противнику осуществить операцию в намеченные сроки. Лишь к сентябрю немцы сосредоточили на побережье выделенные для действий против Моонзундских островов 61-ю и 217-ю пехотные дивизии, два саперных, один понтонный полки, финский батальон, общей численностью около 50 тыс. человек. Для перевозки десанта было выделено около 350 различных десантно-высадочных средств, в том числе десантных паромов типа «Зибель». Высадку поддерживала авиация.
