В первых числах июля на Ханко прибыла пулеметная рота, которая была передана в распоряжение коменданта СБО.
По мобилизационному плану на Ханко для перевода частей береговой и противовоздушной обороны на штаты военного времени должны были прибыть 1000 человек. Однако прибыли только 300. Перед оставлением Таллина на Ханко привезли 500 эстонцев, в большинстве не говорящих по-русски. Командование базы призвало на военную службу рабочих и специалистов расформированных строительных организаций.
Полное подчинение всех сил и средств базы единому командующему сделало возможным сразу правильно организовать оборону, управление войсками и тесное их тактическое взаимодействие в течение всего периода обороны. Все мероприятия командования в основном были правильны и своевременны.
Были проведены также необходимые мероприятия по эвакуации гражданского населения, подавляющее большинство которого составляли семьи военнослужащих.
22 июня на турбоэлектроходе «Иосиф Сталин» была отправлена первая партия гражданских в составе 2500 человек. Вечером 23 июня в базу прибыла из Таллина плавучая мастерская «Серп и молот» с грузом, а утром 24 июня — транспорт «Соммери». Разгрузив эти суда, на них с полуострова отправили около двух тысяч женщин и детей. Эвакуация производилась также на транспортах «Марс», «Вилсанди», ГИСУ «Сатурн», буксирах ПХ-2 и ПЛ-36. Вместе с гражданским населением на Большую землю был отправлен ненужный для строительства и обороны личный состав расформированного ОСО-3 и прочих мелких строительств.
Однако часть женщин пожелала остаться на Ханко. Они заявили, что будут вместе с краснофлотцами защищать полуостров, который стал для них родным. Женщины ухаживали за ранеными в госпитале, работали на хлебозаводе, заменяли мужчин на складах в порту, варили обеды бойцам и командирам, стирали белье бойцов, набивали пулеметные ленты патронами.
22 июня последние четыре подводные лодки покинули Ханко, уйдя на позиции или в Палдиски. На второй день войны отозвали 81-ю эскадрилью гидросамолетов МБР-2, кроме одного звена. В течение первого месяца войны ушли из базы и последние шесть торпедных катеров бригады капитана 2-го ранга B. C. Черокова. На Ханко остались только береговые базы подплава и бригады торпедных катеров.
Таким образом, на Ханко из кораблей осталось всего 7 катеров «малых охотников», гидрографические суда (ГИСУ) «Волна» и «Веха» и два десятка малых катеров охраны рейда, гидрорайона и сектора БО.
