Утром 21 июня к западу от острова Руссаре дважды обнаруживали чужие подводные лодки. Несколько раз севернее и западнее Ханко появлялись неизвестные самолеты, которые приближались к полуострову, не нарушая границ базы. В течение суток 21 июня истребители эскадрильи капитана Л. Г. Белоусова барражировали над базой, охраняя ее с воздуха.
Вечером 21 июня И. В. Сталин разрешил руководству НКО и НВ ВМФ привести войска и силы флота в готовность № 1. На флоты немедленно был послан условный сигнал, а затем подробная директива о приведении сил флота в боевую готовность. В штабе КБФ условный сигнал был получен в 00.56 22 июня, а директива — в 2.32.
Нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов по телефону в 23.37 21 июня объявил по флоту готовность № 1. В 23.53 в штабе ВМБ Ханко был получен сигнал — «оперативная готовность № 1», по которому было окончательно произведено развертывание частей на позициях обороны с выходом штабов на полевые командные пункты. 93-й и 94-й строительные батальоны заняли оборонительные позиции вокруг аэродрома и изготовились к отражению воздушного десанта.
Одновременно были выключены все навигационные огни, произведено полное затемнение, повышена готовность к открытию огня батарей береговой обороны и зенитных, выставлен корабельный дозор в районе восточных и западных островов и к югу от Руссаре. В 3.30 катер МО-313 вышел в дозор западнее острова Руссаре.
Самолеты и торпедные катера были рассредоточены и замаскированы. Катерам установлена готовность — 15 минут. На складах и в отделах тыла установлено круглосуточное дежурство.
Около часу ночи 22 июня посты СНИС Ханко обнаружили три неизвестных больших корабля, идущих курсом от острова Хиума (Даго) на северо-запад, в шхеры. Начальник штаба базы сообщил об этом в разведсводке, направленной вне всякой очереди в штаб КБФ. Но там, видимо, не придали большого значения этому донесению и поплатились. На следующий день, 23 июня, на подходах к Хиума на минах погиб эсминец «Гневный» и подорвался крейсер «Максим Горький». Возможно, корабли попали на минное заграждение, выставленное именно теми кораблями, которых обнаружили наблюдатели с Ханко.
В 4.50 22 июня Военный совет КБФ объявил по флоту: «Германия начала нападение на наши базы. Силой оружия отражать всякую попытку нападения противника».
В шесть часов утра 22 июня с Ханко ушли последние три подводные лодки. Казалось бы, место лодок как раз на Ханко, чтобы действовать в районе Або-Аландских шхер. Но штаб флота принял иное решение. В Ханко осталась береговая база подплава и большой запас торпед (14 вагонов).
