19 марта вышло постановление Комитета Обороны при Совете Народных Комиссаров (СНК) СССР, а 20 марта 1940 нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов приказал командующему КБФ сформировать военно-морскую базу Ханко в составе: управление базы (командование и штаб, политотдел), 3-й дивизион эскадренных миноносцев («Артем», «Володарский», «Карл Маркс», «Энгельс»), 2-й дивизион тральщиков («Т-208», «Т-210», «Т-213»), 26-й дивизион подводных лодок («М-90», «М-95», «М-96», «М-97»), 2-й отряд торпедных катеров (три звена), звено сторожевых катеров (три катера «МО-4»), отдельный артиллерийский дивизион (трехорудийние 130-мм батареи № 178, 179, 180, трехорудийная 100-мм батарея № 174 и трехорудийные 45-мм батареи № 165, 166, 167, 168, 169, 170[3]), участок ПВО (61-й и 93-й артиллерийские зенитные дивизионы), 8-я отдельная стрелковая бригада, смешанный авиаполк, охрана рейдов, военный порт 2-го разряда со складами и производственными предприятиями; санитарный отдел с военно-морским госпиталем, ряд других частей и подразделений. В дальнейшем состав и штат базы неоднократно менялся.
В ходе формирования базы решался вопрос о том, кто возглавит базу и, в случае войны, будет нести ответственность за оборону Ханко. Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов высказывался за обеспечение единства командования. Начальник Генерального штаба Б. М. Шапошников против этой точки зрения не возражал. Более того, после некоторых колебаний он согласился даже на то, чтобы все сухопутные части на полуострове подчинялись командиру военно-морской базы, а через него — командующему КБФ. Решающую роль в данном случае сыграло то обстоятельство, что добирались до полуострова и доставляли туда грузы преимущественно морем. В результате Ханко стала единственной базой ВМФ, где накануне Великой Отечественной войны было создано единое командование.
Отсутствие единого командования и единой организации обороны силами армии и флота привело к оставлению Лиепаи на пятые сутки войны.
Уже в ходе войны Верховное командование пришло к тому, что оборону военно-морских баз возглавляли флотские начальники, которым подчинялись и армейские части. Оборону Одессы с августа 1941 г. возглавил командир ОВМБ контр-адмирал Г. В. Жуков. Командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц руководил обороной Главной базы флота Таллина. Оборону Севастополя с ноября 1941 г. возглавил командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский.
Командиром базы и начальником гарнизона был назначен капитан 1-го ранга Сергей Филиппович Белоусов, до того командир линкора «Марат». В июне 1940 г. его сменил генерал-майор береговой службы Алексей Борисович Елисеев.
