Михаилу Ивановичу довелось на Амуре закладывать нынешний город Благовещенск, центр большой и богатой Амурской области. Годом прежде в устье Зеи высадилась небольшая команда из казаков. Она основала Усть-Зейский военный пост. Венюков в 1857 году руководил возведением построек на устье Зеи. Если не считать дома бригадного начальника, все остальные помещения строились из тальника. В 1857 году на Амуре возникло 15 новых русских селений.
Покоренный богатствами Приамурья, Венюков записывает в своем дневнике: «Окружающая его (Амур. — А. С.) равнина, начавшаяся от самого устья Зеи, была здесь еще роскошнее… Таких великолепных угодьев для хозяина-земледельца, как между Зеею и Хинганом, мало в целой России, а в Сибири и совсем нет».
Первое плавание по Амуру явилось большой школой для Венюкова. Молодой исследователь получил богатые навыки полевых работ, составил описание края и дал планы ряда населенных пунктов.
В конце декабря 1857 года М. И. Венюков доставил обработанные материалы Н. Н. Муравьеву, вновь вернувшемуся в Петербург для окончательного разрешения в столице «амурского вопроса». Вот тогда-то генерал-губернатор и предложил Венюкову обследовать почти неизвестную реку Уссури, один из наиболее крупных притоков Амура. Это был такой труд во имя науки и России, о котором Михаил Иванович мечтал, будучи еще вольнослушателем Петербургского университета.
Крестным отцом и наставником молодого исследователя явился крупнейший знаток Дальнего Востока Геннадий Иванович Невельской. «Он лично навестил меня в скромной моей квартире в одной из отдаленных частей Петербурга, — пишет Венюков, — пригласил к себе, в течение нескольких вечеров беседовал со мною о Нижне-Амурском и Уссурийском краях, о которых имел обширные сведения… Более честного человека мне не случалось встречать, и хотя его резкость, угловатость могли иногда не нравиться, но всякий, кто имел случай ближе подойти к нему, скоро замечал, какая теплая, глубокосимпатическая натура скрывалась за его непредставительной наружностью».
От Невельского Венюков перенял гражданственное отношение к науке, уменье направлять свои усилия на решение наиболее актуальных задач. А потом он уже сам передавал эту традицию будущему корифею русской географии Н. М. Пржевальскому. В частности, к советам Венюкова Николай Михайлович Пржевальский прислушивался при выборе своих маршрутов по совершенно диким и не исследованным местам Центральной Азии. Между обоими путешественниками завязалась многолетняя дружеская переписка. Это один из примеров того, как сливалась в единое целое выдающаяся русская географическая школа.
