Отрицая идеализм во всех его проявлениях, в своем миропонимании Венюков, однако, не смог подняться выше стихийного материализма, не воспринял революционно-освободительную теорию Маркса, ставшую уже в его время знаменем освобождения трудящихся от эксплуататоров. Венюков писал, что Маркс и его ученики умеют «отлично доказывать воровское происхождение капитала», и вместе с тем ученый остался на позициях либерального критика капитализма.
Но и в этом качестве он представлялся «неблагонадежным» для царского самодержавия. Острокритическое отношение к петербургской правящей публике — «настоящей крепостной дворне» — много лет привлекало к Венюкову внимание царской охранки. Ему были созданы невыносимые условия для продолжения военной службы и научной деятельности в царской России. Все это вынудило его, уже полковника, уйти в отставку, добровольно эмигрировать из родной страны.
«Но нет силы, которая бы могла исключить меня из числа преданных сынов русской земли», — писал Михаил Иванович. Там, за чертой, отделявшей его от любимой России, он продолжал много работать, путешествовал по Америке и Африке, посетил ряд западноевропейских государств, очень много сделал для утверждения приоритета русской науки в международном масштабе.
Многим обязана Венюкову западноевропейская научная общественность. Именно он широко познакомил ее с трудами выдающегося географа Н. М. Пржевальского и других исследователей Азии. Широкое признание получили и труды самого Венюкова, неоднократно переводившиеся на английский, французский, немецкий и японский языки. Но, при всем этом, исследователя в его заграничной жизни никогда не оставляло чувство глубокой неудовлетворенности. Он болезненно переживал отрыв от родины; возвращение туда было для него закрыто и женевскими бесцензурными изданиями, тайно попадавшими в Россию, и острокритическими статьями о внутренней и внешней политике царизма. Сам Венюков называл годы своей жизни в эмиграции «лишними годами».
Задолго до своей смерти Венюков распорядился своим наследством. Книги, рукописи, карты — все свое духовное достояние он завещал библиотеке Хабаровска — города, которого он ни разу не видел, но о котором знал, что он будет, знал, когда еще стоял на Амурском утесе. Свои скромные денежные сбережения он разделил между школами в Никитинском, где он родился, и в не менее родном селе Венюкове на Уссури, названном так в его честь — честь первоисследователя.
На обложке последней книги Михаила Ивановича — третьего тома «Воспоминаний» — значится: «Амстердам, 1901 год». Это был последний вклад Венюкова в развитие русской науки. 3 (16) июля 1901 года Михаил Иванович Венюков скончался в одной из парижских больниц.
