Епископы были для Генриха, как и для Оттона, надежной опорой его власти. Как их покровитель он возглавляет ряд синодов и имеет существенное влияние на принимаемые там постановления, даже на решения по вопросам церковного культа. Он назначает епископов даже вопреки отличному от его воли предложению капитула, и при подтверждении старых привилегий он ограничивает капитул в свободе выбора. Генрих первым последовательно укреплял имперскую церковь теми, кто проявил себя службой при дворе. Как и в Италии, он охотно назначал в Германии главами епархий епископов, вышедших из других регионов: так, баварец Тагинон становится архиепископом Магдебурга. Как и многие другие, он вышел из королевской капеллы, да и должность канцлера являлась ступенью к епископату. В 1009 году богатый Мейнверк поддерживает бедный Падерборн тем, что уступает ему свое владение; то же самое вынужден был обещать состоятельный Титмар в отношении Мерзебурга (1009 год). В 1013 году Унван Бременский уступает королю треть своего состояния, которую король дарит Падерборну. Богатый Люттих (Льеж) в 1021 году поддержал духовное лицо самого низшего статуса, чтобы оно смогло стать епископом. То же сделал и Эйхштетт в 1014 году. Оба назначенных тогда иерарха вышли из бамбергерского клира, так же как баварец Пильгрим Кёльнский (1021 год) и Поппон Трирский (1016 год). Камбрей, относившийся к Реймской архиепархии и охватывавший своей деятельностью подвластную Франции и франкоговорящую область, был передан знатному лотарингцу Герхарду, который воспитывался в Реймсе и был королевским капелланом.
Как ни один король до него, Генрих выступает в качестве каноника в соборных капитулах: в Падерборне, Магдебурге, Бамберге и Страсбурге. Он состоит в их молитвенных сообществах и обретает их приходы, которые получает временно исполняющий обязанности «capellanus». Богато одариваемые монархом соборные капитулы содержат придворный клир, сами не сопровождая находящегося в разъездах короля. В большей, чем прежде, степени епископы и аббаты наделяются имперским достоянием и привлекаются к содержанию короля и его свиты, поскольку пфальцев оказывается уже недостаточно, а сеть королевских дорог становится гуще. Между Рейном и Веррой возникает замкнутая территория имперской церкви. Торжественные коронации в епископских церквях усиливают блеск королевской власти.
В 1004 году было восстановлено епископство Мерзебургское, в 1014 году епископом его назначен Боббион. Основание епископства Бамбергского (1 октября 1007 года) принесло Генриху имя святого. И здесь тоже возникшая из религиозного порыва работа была проведена с осмотрительностью и терпением, со взвешенной разумностью. Окруженный незаселенной местностью, с отмечавшимся даже позднее, в 1059 году, славянским компонентом населения, Бамберг был миссионерским епископством. Подчиненное Майнцской архиепархии и, однако, находящееся под особым покровительством Рима, оно занимало отдельное положение среди немецких епископств. Оно получило бывшие швейнфуртские графства в Верхней Франконии, герцогские и королевские владения в Баварии, имения в Верхней и Нижней Австрии, Штирии, Каринтии, Тироле с важными горными проходами. Бездетный король сделал своим наследником Бога. В широко раскинувшихся владениях епископ должен был представлять королевскую власть.
