Однако не менее сильно впечатлил Оттона и пример Адальберта Пражского, с которым он тоже установил тесные дружеские отношения при первой же встрече во время своего римского похода. Происходивший из знатного чешского рода, получивший воспитание в Магдебурге Адальберт (Войтех) не смог, несмотря на это, удержаться в своем епископстве и поэтому попытался бежать в Рим, чтобы оттуда, вопреки воле своего митрополита Виллигиза, но с согласия императора, направиться в качестве миссионера к язычникам-пруссам. Страстный аскет, горящий желанием окрестить мир, он восхищал Оттона III, которого сопровождал во время его возвращения в Германию, как идеал благочестивой преданности Богу и в долгих беседах с императором возрождал дух раннего христианства. Другие набожные отшельники и аскеты, такие как Нил Россанский и Ромуальд, основатель монашеского ордена камальдулов, с которыми император также общался в Италии, укрепляли в нем согласие с мыслями Адальберта.
Таким образом, все эти люди и влияние каждого из них на императора были различны, отчасти противоположны. Однако император во время пребывания их при его дворе объединил этих людей вокруг себя и воспринял их представления и идеалы, чтобы в своих высоких помыслах слить воедино, в новый, широкий, но, впрочем, тоже обладающий большим внутренним напряжением идеал, которому должна была служить его власть. Этот идеал постепенно вызревал со времени первого римского похода Оттона III, а во втором римском походе он уже настолько сформировался, что настоятельно требовал своего воплощения.
Существенный его компонент проявился в промежуточный между двумя походами период, когда, находясь в Германии, император большую часть времени проводил в Ахене, во дворце Карла Великого, которого считал величайшим образцом для подражания и труды которого хотел продолжить своим правлением. Поэтому он, постоянно и настойчиво ссылаясь на Карла Великого, с расточительством наделял Ахенскую капеллу Девы Марии реликвиями, литургической утварью и владениями, а в 997 году вытребовал для нее у папы Григория V предоставлявшуюся обычно лишь епископальным церквям привилегию кардиналата. Вероятно, в связи с этим Оттон учредил в Ахене королевский каноникат, достоверно подтверждаемый в Хильдесхейме для времени несколькими годами позднее. Королевский каноникат, принадлежность правителя к определенному монастырскому и соборному капитулу, выражал в новой и убедительной форме его внутреннюю связь с имперской церковью. Эта связь была для Оттона III тем важнее, что он, углубляя религиозный характер королевской и императорской власти, демонстрировал одновременно усиление господства над имперской церковью. Прежде всего он энергично и успешно включился в вопросы назначения епископов. Таким образом, за признанием своим предтечей Карла Великого следовало продолжение церковной политики Оттона Великого. Оттоновской практике соответствовало и то, что в 997 году, несмотря на серьезнейшую опасность, нависшую над папой в Риме, император, прежде чем начать свой второй римский поход, выступил против полабских славян, чтобы обеспечить безопасность границы по Эльбе, которой они вновь угрожали. Заботу об империи он вверил своей тетке, аббатисе Матильде Кведлинбургской, которая имела титул «matricia»
