Патриарх Иов не остался в долгу у своего благодетеля. После смерти царя Федора в 1598 г. он выступил главным режиссером великолепно разыгранного спектакля по избранию Бориса Годунова на царский трон. Патриарх Иов организовал различные «народные» делегации к Борису с просьбами принять венец, по его приказу во всех московских церквах служились по этому поводу молебны, в проповедях священники убеждали народ, что в случае отказа Бориса в стране «междоусобная брань воздвижется», будет «христианство в разорении». Ставленник Бориса председательствовал на соборе, редактировал соборную грамоту об избрании нового царя, в которой говорилось: «А у меня, Иова патриарха, и у митрополитов, и у архиепископов, и у архимандритов, и у егуменов, и у всего освещенного вселенского собора, и у бояр, и у дворян, и у приказных, и у служилых, и у всяких людей и у гостей, и у всех православных крестьян мысль и совет всех единодушно, что нам мимо государя Бориса Федоровича иного государя никого не искати и не хотети».
Русская православная церковь в этот период прилагает много усилий для укрепления самодержавия. В качестве примера историки указывают на характер канонизации святых. В царствование Ивана IV, в 1547 г. и 1549 г., митрополитом Макарием собирались церковные соборы, на которых к 22 имеющимся отечественным святым было добавлено еще 39. В. О. Ключевский дает интересный социальный анализ этих святых: 16 князей и княгинь, 1 боярин, 3 литовских мученика, 14 митрополитов и епископов, 4 юродивых и 23 основателя и подвижника монастырей. Н. М. Никольский в своей истории русской православной церкви пишет, что среди вновь канонизированных святых не оказалось ни одного удельного князя, которые были так характерны для предшествующих периодов. Удельные князья, лишавшиеся в процессе создания централизованного государства своих земных престолов, лишались и небесных престолов.
В свою очередь и самодержавие стремилось укрепить авторитет русской православной церкви. Ей рекомендовалось позаботиться о том, чтобы на Руси было достаточное количество божественных реликвий. Тем более что их легко можно было приобрести, так как после завоевания Византии турками «тамо бо вера православная испроказися Махметовою прелестью от безбожных турок, зде же в русией земли паче просия и святых отец наших учением». Обедневшее после завоевания и разграбления турками своей страны византийское духовенство с готовностью продавало свои реликвии, и на Русь двинулся целый поток мощей, чудотворных икон, кусочков животворного креста и т. д. Русское духовенство, разумеется, было очень заинтересовано в таких покупках, так как святыни, выставленные для поклонения в том или ином храме, приносили большой доход, привлекая новых паломников.
