В ходе реформы произошли некоторые изменения в обрядовой традиции, были отредактированы тексты священного писания и богослужебных книг.
В 1653 году Никон издал приказ под названием «Память», распространённый по всем московским церквам, где говорилось: «не подобает в церкви метания творити на колену, но в пояс бы вам творити поклоны; ещё и тремя персты бы есте крестились».
Крёстные ходы Никон распорядился проводить в обратном направлении (против солнца, а не «посолонь», т. е. по солнцу).
Были отредактированы некоторые тексты Псалтири и богослужебных книг, и несколько изменена формулировка Символа Веры.
Есть множество предположений о подоплёке реформы патриарха Никона, но до сих пор не совсем понятно, для чего Никон пошёл на такие большие жертвы. Неужели только из-за смены церковных обрядов? Понимал ли сам Никон, к чему приведут его реформы? А если он не понимал, то кто понимал и направлял этот процесс? Ведь как пишет Б. П. Кутузов: «… тот факт, что наши богослужебные книги подвергаются латинизации и после ухода Никона, подтверждает, что не он был автором и инициатором “реформ”»(стр. 139).
По мнению автора, задумал реформы и руководил ими царь Алексей Михайлович, решивший сесть и на Константинопольский престол, а Никон был лишь исполнителем.
Историк Н. И. Костомаров[40] упоминает о давлении, которое оказывали на царя:
«В 1649 году приехал в Москву иерусалимский патриарх Паисий. Он заметил, что в московской церкви есть разные нововведения, которых нет в греческой церкви, и особенно стал порицать двуперстное сложение при крестном знамении. Царь Алексей Михайлович очень встревожился этими замечаниями и отправил реко он келаря Арсения Суханова на восток за сведениями. Но пока Арсений странствовал на востоке, Москву успели посетить другие греческие духовные особы и также делали замечания о несходстве русских церковных обрядов с греческими, а на Афоне монахи даже сожгли богослужебные книги московской печати, как противные православному чину богослужения».
Историк русской церкви Н. Ф. Каптерев[41] считал:
«…инициатива произвести церковную реформу, в смысле объединения наших церковных чинов, обрядов и богослужебных книг с тогдашними греческими, принадлежит не Никону, а царю Алексею Михайловичу и его духовнику — протопопу Стефану Вонифатьевичу. Они первые, ещё до Никона, задумали произвести церковную реформу, ранее наметили еёобщий характер и начали до Никона, по-немногу приводить её в исполнение; они ещё до Никона вызвали в Москву из Kиeвa знающих греческий язык книжных справщиков, с помощью которых ещё до Никона уже начали исправлять наши книги с греческих и, что главное, они же создали и самого Никона, как реформатора-грекофила. Никон, сделавшись патриархом, только выполнял ту программу, какая ему дана была, конечно в самых общих чертах, царём и Стефаном Вонифатьевичем. Правда, что в самое выполнение программы царь активно не вмешивался, предоставив в этом деле Никону полную свободу, почему практическое проведение реформы в жизнь в том или другом виде, зависело уже исключительно от Никона, от его личных взглядов, понимания дела, его характера и такта. Сам Никон никогда не считал себя инициатором в деле книжных исправлений и никогда не считал книжные исправления первою и главною задачею своего патриаршества. Оставив патриаршую кафедру, он совсем перестал интересоваться своей церковной реформой и, в конце, даже отнёсся резко отрицательно как к тем самым грекам, по указаниям которых он производил свои церковные реформы, так и к самым печатным греческим книгам, на основе которых главным образом и велись все книжные исправления во время его патриаршества. Сам Никон главную задачу, смысл и, так сказать, душу своего патриаршества видел и представлял вовсе не в книжных и обрядовых исправлениях, а в том, чтобы освободить церковь, в лице патриарха, от подавляющей её всецелой зависимости от государства, чтобы сделать патриарха, как духовного главу церкви, не только независимым от государя, но и поставить его рядом с царем, как другого великого государя, подчинить его контролю, как блюстителю и охранителю вечных незыблемых божественных законов, не только церковную, но и всю государственную и общественную жизнь, поскольку последние должны быть проявлением всегда и для всех обязательных божественных заповедей и законов. Никон верил и учил, что священство выше царства, и всячески старался осуществить эту идею во время своего патриаршества практически, а после оставления патриаршей кафедры, горячо и усиленно старался защитить её теоретически.
