Достаточно быстро стало ясно, что программу строительства подводных лодок можно выполнить, только используя все уже известные и новые методы кораблестроения. Дениц готовил свои экипажи с 1935 года и добился надежного взаимопонимания со своими экипажами, однако он полагал, что добиться выполнения кораблестроительной программы можно будет лишь когда он лично возьмет ее под свой контроль. И тогда, против собственного желания, он решил передать руководство подводным флотом новому Управлению подводных сил, которое предстояло создать.
Однако начальник штаба Руководства войной на море резко возражал против этого на том основании, что командующему подводными силами надлежит находиться на флоте, рядом со своими моряками. Одновременно РВМ намеревалось фактически подчинить это Управление командующему подводным флотом. Ему оставалось лишь излагать свои требования и ожидать их незамедлительного исполнения.
Это не устраивало Деница, однако РВМ отказалось изменить свое мнение. Деницу в конце концов пришлось признать, что он был неправ, и дальнейшие события ясно это показали. Поэтому существующий порядок был сохранен, и РВМ взяло на себя полную ответственность за реализацию программы строительства подводных лодок.
Если говорить об оперативной деятельности, то здесь Дениц напрямую подчинялся РВМ, которое передавало ему инструкции, касающиеся общего характера ведения войны. При этом командующий морской группой «Вест» также мог давать ему инструкции, касающиеся действий лодок, развернутых в Северном море.
Предполагалось, что после начала войны англичане еще достаточно долго будут отправлять свои торговые суда поодиночке, так как организация системы конвоев и ее налаживание требовали времени. Этот период позволил бы немецким верфям развернуть массовое строительство подводных лодок, что в свою очередь дало бы возможность начать использование тактики волчьих стай. Поэтому приказы, отданные лодкам в этот первый период, требовали от них действовать поодиночке и атаковать торговые суда, следующие самостоятельно. Большинство лодок было развернуто в районе к западу от Ирландии и Великобритании, а часть была оставлена в Северном море. В этот период Дениц делал все возможное, чтобы подготовиться к переходу на тактику волчьих стай, формируя маленькие группы лодок. Но это оказало малоэффективно просто из-за нехватки лодок.
Дениц никак не мог согласиться с малой результативностью действий своих лодок, хотя за первые 6 месяцев войны они потопили такой тоннаж, что это вызвало серьезные опасения союзников. Тем не менее, он не мог успокоиться, пока не получил возможность отправлять лодки в море стаями, так как верил, что больших успехов можно добиться только используя эту тактику.
