Сам Боливар не попал в руки врагов, бежав в Новую Гранаду (Колумбию), чтобы продолжать борьбу за независимость. Летом 1813 г. он привел в Венесуэлу новое войско и к концу года снова занял Каракас и восстановил свой контроль над страной. В следующем году Боливар оборонял новое государство от врагов, но все же соединенные силы испанских роялистов и местных противников Освободителя нанесли ему поражение.
И вновь Боливар ускользнул от врагов, укрывшись в Новой Гранаде, откуда он перебрался на Ямайку. В 1815 г. Боливар отправился на Гаити и установил дружеские отношения с новым правительством, добившимся независимости от Франции. В следующие четыре года он организовал два вторжения и несколько рейдов в северную часть Южной Америки. Хотя все эти походы кончились неудачно, Боливар приобрел репутацию лидера освободительного движения.
В 1819 г. Боливар усилил свою повстанческую армию за счет английских и французских наемников, ветеранов войн с Наполеоном, оплачиваемых на пожертвования из Гаити, и создал базу в Ангостуре (Новая Гранада). Потом он повел свое войско, состоявшее менее чем из 2500 человек, через долину, где протекали семь рек, разлившихся от дождей, а затем — через заснеженные вершины Анд. 7 августа он врасплох напал на испанцев, защищавших Бойака, а через три дня освободил Боготу.
17 декабря 1819 г. Боливар провозгласил независимость Республики Колумбия, в состав которой входили Новая Гранада и Венесуэла. Сам он стал ее президентом. Но потребовалось еще два года для того, чтобы действительно освободить Венесуэлу от испанского владычества. Это случилось после победы в битве при Карабобо 24 июня 1821 г.
Боливар, однако, стремился к освобождению всей Южной Америки. С помощью своего верного сторонника, генерала Антонио Хосе де Сукре, Боливар в мае 1922 г. освободил от испанцев Эквадор. В сентябре 1823 г. он вошел в Лиму, последний оплот испанцев в северной части Южной Америки. 9 декабря 1824 г. Боливар и Сукре с армией в семь тысяч человек нанесли поражение десятитысячному испанскому войску при Айякучо во время почти рукопашного боя. В следующем году сопротивление испанцев в северной части Южной Америки было окончательно сломлено, и Перу вместе с новой Республикой Боливией, образованной из юго-восточных районов Перу, вошли в число стран, освобожденных Боливаром.
В роли правителя Боливар не добился таких же успехов, как в роли полководца революционной армии. Он считал, что его понимание «Великой Колумбии» как объединения освобожденных стран — единственно верное. Жесткое, самовластное правление Боливара вело к внутренней напряженности и конфликтам, которые приводили к новым гражданским войнам. Всего через четыре года после своего освобождения все страны, освобожденные Боливаром, отложились от своего освободителя, Боливар же сохранил власть только в Колумбии. Боливар, у которого стало ослабевать здоровье, подавленный к тому же убийством Сукре, в котором он мечтал видеть своего преемника, решил подать в отставку. Он хотел отправиться в Европу в добровольное изгнание, но умер от туберкулеза в возрасте сорока семи лет 17 декабря 1830 г. в Санта Мария.
