Кортес уже занялся захватом сокровищ, когда ему сообщили, что испанское войско под командованием Панфило де Нарваэса высадилось в Веракрусе с приказом Веласкеса арестовать Кортеса за нарушение субординации и превышение полномочий. Покоритель ацтеков вынужден был разделить свой небольшой отряд на две части. Около двухсот человек под командой де Альварадо он оставил в ацтекской столице, а с остальными пошел через джунгли, чтобы встретиться с Нарваэсом. Ночью Кортес внезапно атаковал противника, взял в плен Нарваэса, а его уцелевших солдат убедил перейти на свою сторону.
Когда он вернулся в Теночтитлан, то обнаружил, что там сильное возмущение против жестокостей Альварадо. Прежде чем Кортес сумел принять меры по исправлению положения, 20 июня 1520 г. началось восстание. Хотя Монтесума погиб в схватке, испанцам пришлось оставить город. 7 июля Кортес нанес поражение большому отряду преследователей-ацтеков. Но лишь через год испанский завоеватель смог создать новый союз [с индейцами] и начать отвоевывать ацтекскую столицу.
Шаг за шагом двигался Кортес к Теночтитлану, громя небольшие ацтекские отряды и уничтожая деревни. 13 августа 1521 г., после трехмесячной осады он снова вступил в город. Кортес уничтожил или перестроил постройки индейцев, а город переименовал в Мехико. Захваченные сокровища Кортес отослал в Испанию с пояснением, что он совершил свое предприятие во имя испанской короны, а не ради личной выгоды. От таких подарков трудно было отказаться, и король принял объяснения Кортеса, назначив его генерал-капитаном и губернатором Новой Испании. Теперь колонисты прибывали в Новый Свет из Испании, а Кортес давал им земельные участки вокруг Мехико, создавая основу испанского господства, которое продержалось здесь несколько веков.
В 1524 г. Кортес организовал экспедицию в Гондурас, но так как при дворе были люди, боявшиеся его амбиций, то король в 1528 г. лишил его губернаторства и велел вернуться в Испанию. Через два года конкистадор вернулся в Мехико без прежних полномочий. В 1536 г. он возглавил новую экспедицию, исследовавшую мексиканское тихоокеанское побережье и открывшую Калифорнию. Еще через три года он попросил разрешения возглавить отряд для поисков легендарных Семи городов Сиболы. Когда король отклонил эту просьбу и остановился на кандидатуре Франсиско Васкеса де Коронадо, Кортес вернулся в Испанию.
В 1541 г. Кортес участвовал в Алжирском военном конфликте, но больше уже не мог найти поддержки для организации новых рискованных предприятий и авантюр. Он удалился в поместье возле Севильи и жил там до своей смерти в роскоши благодаря своим богатствам, вывезенным из Мексики. Он умер в 1547 г. в возрасте 62 лет.
