Но пока что мятеж усмирён, немногие наследники Минамото либо сосланы, либо слишком малы, чтобы что-то решать. На первые должности в государстве теперь назначают Тайра — наступило время, когда некоторые из них говорили: «Тот не человек, кто не из нашего рода!» («Повесть о доме Тайра», св. 1 «4. Кабуро», пер. И. Львовой). Киёмори выдаёт свою дочь за императора Такакура, у неё рождается сын, которого объявляют наследником престола, а потом и императором. Пришёл час военных, и важнейшие политические дела вершит глава рода Тайра — Киёмори. Он, будучи главой рода, основным занятием которого было военное дело, был вместе с тем человеком, близким к придворной среде, но при этом имел свой взгляд на политические дела — так, например, он считал, что будущее — за страной, которая активно торгует с другими странами, и даже в 1180 г. настоял на переносе столицы поближе к морю, в Фукухара, которая находилась на территории нынешнего портового города Кобэ. Однако в том же году вспыхнул мятеж принца Мотихито, и с этих пор начался закат могущества Тайра. Столица была возвращена в Киото, а на восток страны, где набирал силу новый мятеж, были посланы войска, которым так и не удалось добиться существенных успехов. В следующем, 1181 году, умирает сам Киёмори, и благополучию Тайра приходит конец. Сначала они бегут из столицы, которую занял ещё один Минамото — Ёсинака из Кисо, и под натиском войск Минамото, которыми руководил самый младший сын Ёситомо, Ёсицунэ, уходят всё дальше на запад страны, пока не оказываются у залива Данноура, где и состоялось завершающее сражение Тайра и Минамото. Часть Тайра были убиты или утонули, другая часть взята в плен и впоследствии казнена, малолетнего императора Антоку взяла с собой на дно внутреннего моря — Сэтонайкай — престарелая вдова Киёмори.
Ёритомо, глава рода Минамото, после своей победы не повторил ошибки Киёмори, и казнил всех, кто мог бы рассчитывать на главенство в роде Тайра, детей и взрослых. Прямая линия наследования в роде Тайра пресеклась, а Ёритомо и тогда не стал переезжать в столицу, а основал новый центр власти — бакуфу, или «полевую ставку» в Камакура, на востоке страны, возле нынешнего Токио.
Так замыслы Киёмори, видевшего будущее Японии в активной внешней торговле, обратились в прах. Новое правительство во главе с Ёритомо создало свою систему управления и сбора налогов, старые государственные институты были сохранены, но не играли сколько-нибудь значительной роли в политической жизни страны. Япония надолго замкнулась в себе, занятая перераспределением ресурсов среди представителей новой власти. Брат Ёритомо, Ёсицунэ, в своё время руководивший разгромом Тайра, из-за чрезмерной популярности в войсках был объявлен вне закона. Скрываясь от войск Ёритомо, он бежал в самые восточные провинции, сохранявшие независимость от центральной власти, но тоже вскорости погиб, а эти провинции были присоединены к остальной части страны. Начался период Камакура.
