Центральные персонажи трилогии - в отличие от многих исторических драм романтиков (например, "Эрнани" В.Гюго и др.), в отличие от романа самого Толстого "Князь Серебряный" - лица исторические. Это Иван Грозный, Федор и Борис Годунов. Наиболее оригинальным из них является Федор. Если образы Ивана и Бориса в основном восходят к Карамзину, то, создавая образ Федора, Толстой ни в малейшей степени не опирался на автора "Истории Государства Российского". Толстой дает понять это своему читателю в "Проекте постановки" трагедии. Говоря о том, что он хотел изобразить Федора "не просто слабодушным, кротким постником, но человеком, наделенным от природы самыми высокими душевными качествами, при недостаточной остроте ума и совершенном отсутствии воли", что в "характере Федора есть как бы два человека, из коих один слаб, ограничен, иногда даже смешон; другой же, напротив, велик своим смирением и почтенен своей нравственной высотой", Толстой явно полемизирует не только с современной ему критикой, но и с мнением Карамзина об этом "жалком венценосце". Герой Толстого не является также повторением того иконописного лика, который мы находим в ряде древнерусских сказаний и повестей о Смутном времени.
Глубокая человечность отличает весь образ Федора, и это сделало его благодарным материалом для ряда выдающихся русских артистов - И.М.Москвина, П.Н.Орленева, С.Л.Кузнецова, Н.П.Хмелева. Оценивая пьесу как "художественный перл", "жемчужину нашей драматургии", резко выделяющуюся на фоне ничтожного репертуара конца XIX века, В.Г.Короленко заметил в связи с постановкой театра Суворина: "Характер Федора выдержан превосходно, и трагизм этого положения взят глубоко и с подкупающей задушевностию". Есть, без сомнения, нечто близкое между образом Федора и главным героем романа Достоевского "Идиот". Это особенно интересно, поскольку произведения были задуманы и написаны одновременно ("Царь Федор Иоаннович" несколько раньше), и вопрос о воздействии образа князя Мышкина на героя трагедии Толстого тем самым отпадает. Когда П.Н.Орленеву скоро после его исключительного успеха в роли Федора принесли инсценировку "Идиота", он решительно отказался играть: "боялся повторить в князе Мышкине царя Федора - так много общего у них".
В отличие от многих своих предшественников в области русской исторической драмы Толстому несвойственно прямолинейное распределение героев на злых и добрых. В его "злых" есть свои положительные качества (Борис), а в "добрых" - свои слабые стороны (Федор, Шуйский). "В искусстве бояться выставлять недостатки любимых нами лиц - не значит оказывать им услугу, писал Толстой. - Оно, с одной стороны, предполагает мало доверия к их качествам; с другой - приводит к созданию безукоризненных и безличных существ, в которые никто не верит". И в ряде мест трагедии Толстой не боится вызвать у читателей и зрителей улыбку, выставив глубоко симпатичного ему Федора в комическом свете, сообщив ему смешные бытовые черты, делающие его облик земным и человеческим.
