Отряд кораблей артиллерийской поддержки (канонерские лодки «Красная Грузия», «Красный Аджаристан» и «Красная Абхазия», эскадренные миноносцы «Незаможник» и «Железняков», четыре сторожевых катера) должен был доставить к месту высадки и высадить на берег первый эшелон, а затем поддерживать его действия артиллерийским огнем.
Отряд транспортов и высадочных средств (5 тральщиков, транспорт, 12 сторожевых катеров, 3 несамоходных болиндера, 3 буксира и 14 различных катеров, ботов и барказов) имел задачу доставить и высадить последующие эшелоны десанта. Для высадки вспомогательного десанта был создан специальный отряд высадочных средств из семи сторожевых катеров и двух торпедных катеров.
Кроме того, были созданы две отдельные группы кораблей (первая — эскадренный миноносец «Бойкий» и четыре сторожевых катера, вторая — четыре торпедных катера) для обстрела объектов противника в районе Анапа — Благовещенская и демонстрации высадки десанта в районе Варваровка — долина реки Сукко (первая группа) и для демонстрации высадки десанта в районе мыса Железный Рог (вторая группа).
Высадкой десантов руководил командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф.С. Октябрьский, которому подчинялись командир отряда прикрытия вице-адмирал Л.А. Владимирский, командир высадки контр-адмирал С.Е. Басистый, командир Новороссийской военно-морской базы контр-адмирал Г.Н. Холостяков, командующий военно-воздушными силами генерал-майор В.В. Ермаченков и командир десанта полковник Д. Гордеев. Командир демонстративного десанта майор ЦЛ. Куников был подчинен командиру Новороссийской военно-морской базы.
Для авиационной поддержки было выделено около 170 самолетов, в том числе 137 самолетов морской авиации.
Высадка основного и вспомогательного десантов, а также действия демонстративных групп должны были начаться одновременно в 1 час 00 минут 4 февраля 1943 года.
В процессе подготовки к операции части Черноморской группы войск произвели перегруппировку сил, с тем чтобы в конце января 1943 года начать наступление на Новороссийск. Силы и средства, выделенные в десант, готовились в основном в Геленджике и Туапсе. Десантники тренировались в посадке на корабли и высадке с них на берег, изучали систему обороны противника в районах высадки.
Высадка в районе Южной Озерейки наших разведывательных групп (таких групп было высажено одиннадцать, а еще одиннадцать групп высадиться из-за сильного противодействия противника не смогли), наблюдение за участком высадки с подводной лодки и с воздуха, а также средствами артиллерийской инструментальной разведки насторожили гитлеровцев, и они стали усиленно укреплять эти участки, сосредоточивать здесь свои войска и боевую технику.
