В течение дня на город совершали налеты небольшие группы люфтваффе, одну из которых курсанты подбили пулеметным огнем.
В 21.00 был получен приказ оставить занимаемые рубежи и отходить по дороге через Ошмяны на Минск.
Прикрывавшая отход курсантская рота старшего лейтенанта Кугренаса отбила южнее Вильнюса две атаки немцев, уничтожив 50 солдат и 6 мотоциклов, затем оторвалась от противника и догнала главные силы. При отражении атак германских мотоциклистов большую отвагу проявил курсант Рагаускас. Раненый, он огнем пулемета уничтожил несколько десятков солдат вермахта.
24 июня в районе Медники (25 км юго-восточнее Вильнюса) вражеские парашютисты пытались преградить путь отходящим подразделениям училища. Две роты под командованием капитана Валюлиса с ходу атаковали противника и уничтожили около взвода немцев.
С 25 июня по 2 июля подразделения училища продолжали с боями отходить от одного рубежа к другому. Обороняясь у Ошмян, они нанесли большие потери противнику. При этом отличился курсант Дубинскас, командовавший боевым охранением. В районе Солы (15 км северо-западнее Сморгони) было уничтожено четыре танка и до взвода пехоты противника. На подступах к Сморгони авангард училища атаковали десять немецких танков при поддержке артиллерийского и пулеметного огня. Группа курсантов, которой командовал впоследствии погибший капитан Валюлис, связками ручных гранат подорвала 3 танка. В этих боях отважно сражались курсанты Талалас, Мешка, Величка, Рудженис, Чеплинскас, Решиис и другие. С утра 28 июня пехота и танки противника начали окружать подразделения училища, оборонявшиеся на окраинах Сморгони. Отдельные группы курсантов с боями вышли из окружения и, обходя Молодечно, ко 2 июля соединились в районе Лепеля. Группа под командованием курсанта Виленскиса прикрывала мосты в районе Молодечно, обеспечивая отход главных сил училища. При этом особенно отличились курсанты Гоштаутас, Сайфиуллин, Чимбадзе, Сипавичус, Янчулис, Круглов.
В Лепеле подразделения курсантов и Лепельское минометно-артиллерийское училище были сведены в Лепельскую оперативную группу, занявшую оборону южнее города. В ходе оборонительных боев было успешно отражено несколько сильных атак пехоты и танков противника.
Позднее подразделения училища участвовали в оборонительных боях на реке Западная Двина у Бешенковичей и на западной окраине Витебска.
К 25 июля личный состав курсантских батальонов (около 20 командиров и 500 курсантов) был направлен в Новокузнецк Кемеровской области, где с 15 августа училище начало занятия.
