Однако уже сам выбор общего темноватого, приглушённого фона картины казался смелым и нетрадиционным ходом. В тот период на студиях было принято снимать очень яркое кино. Как выразился Уиллис, «экраны были так залиты светом, что в кадре без труда можно было разглядеть самый дальний уголок туалета или чулана. Вокруг только и слышалось: «Снимайте так, чтобы было видно в кинотеатрах для автомобилистов». Но Уиллис «Крёстного отца» собирался снимать по-другому: «Споров по поводу света не было. Я снимал так, как чувствовал, по наитию. Схема выстраивалась на чередовании яркой, полной радости сцены свадьбы в цветущем саду и мрачной — в тёмном кабинете. Здесь я использовал верхний свет, чтобы подчеркнуть, что Дон — это воплощение зла. Я не хотел, чтобы зритель в каждом кадре мог увидеть его глаза, понять, о чём он думает. Я стремился оставить его в тени».
Производство началось 29 марта 1971 года. Богданович в это время ещё монтировал «Последний киносеанс», а Олтмен заканчивал «Мак-Кейб и миссис Миллер». Судя но всему, в пользу Копполы мало что говорило. «Репутация и опыт тогда у него, как у режиссёра, были нулевые, — вспоминает первый ассистент режиссёра Стив Кестеп, которому вскоре из-за интриг пришлось уйти с картины. — Он был на самом дне бездны». Съёмочная группа из Нью-Йорка, закалённая, привыкшая работать на износ с такими режиссёрами как Казан, Люмет и Пени, решила, что Коппола — слабак. «Руководить па площадке, значит — руководить, то есть постоянно давать отмашку «Вперёд!», направлять процесс, — добавляет Кестен. — У нас такого не наблюдалось. Никак не могли сдвинуться с мёртвой точки, а Фрэнсиса приходилось постоянно подталкивать». Однажды на съёмке в самом начале 5-й авеню Фрэнсис ни с того, ни с сего зашёл в магазин Полка и провёл там полдня, покупая игрушки на деньги, которых у него не было. Обычно утро начиналось с того, что он закрывал площадку и объявлял репетицию с актёрами, которая могла длиться до обеда. Съёмочной группе оставалось сидеть и ковырять в носу, когда на съёмку оставалось всего полдня.
Во время сцены, где Майкл стреляет в Соллаццо, Аль Пачино почему-то скрестил ноги под стулом. Из-за массы таких мелочей получилось, что уже к концу первой недели съёмок Коппола выбился из графика. Он переписывал сценарий по ночам, иногда в промежутках между съёмками эпизодов, что вносило ещё большую сумятицу и неразбериху в рабочий план. Иногда выходило так, что актёр приходил на площадку, а его персонажа уже не было в сценарии, но его никто об этом не предупредил. Вспоминает Коппола: «Всё шло хуже некуда. И лично я оказался в исключительно сложном положении. Я никак не мог закончить сцену, в которой Маккласки бьёт Майкла по лицу. А руководство было недовольно контрольками».
