Анна Леопольдовна в Холмогорах родила еще троих детей. После рождения последнего, сына Алексея, в марте 1746 года она скончалась от послеродовой горячки. Ей не было и тридцати лет.
Императрица Елизавета Петровна, узнав о смерти своей родственницы, приказала привезти тело усопшей в Петербург. Похоронили несчастную пленницу в Александро-Невской лавре рядом с ее бабушкой, царицей Прасковьей, и матерью, герцогиней Мекленбургской. Дети и муж Анны Леопольдовны еще долгие годы оставались в Холмогорах.
О смерти матери бывшему императору, которому к тому времени уже исполнилось шесть лет, естественно, не сказали. Под именем Григория мальчика содержали в полной изоляции от семьи. Когда он достиг юношеского возраста, его в полной тайне перевезли в Шлиссельбургскую крепость, находившуюся на маленьком острове посреди Невы. (Крепость в то время еще выполняла функции оборонительного военного сооружения; лишь через несколько лет она станет тюрьмой.)
Там, в небольшом темном каземате, расположенном в одной из крепостных стен, и прошла вся недолгая жизнь несчастного внука герцогини Мекленбургской. От него скрывали и имя, и происхождение. Страже был дан строгий наказ никому не рассказывать об арестанте. Здесь же, в камере, в июле 1764 года таинственный узник был убит якобы при попытке к бегству. Было ему двадцать четыре года.
Похоронили бывшего императора у крепостной стены, слегка присыпав могилу мхом и ветками, чтобы была незаметной. В официальном донесении сообщалось о «несчастном случае со смертельным исходом», происшедшем с безымянным заключенным.
Отец Иоанна, принц Брауншвейгский, скончался спустя десять лет в Холмогорах. Четверо внуков мекленбургской герцогини в 1780 году по договоренности между вдовствующей датской королевой Юлианой Марией, родной сестрой их отца, и императрицей Екатериной II были перевезены в Данию. На содержание бывших пленников из русской казны был выделен ежегодный пансион по 8 тысяч рублей на каждого. В датском городке Герсенсе они и дожили свой век.
Так трагично сложилась жизнь дочери и внуков русской царевны Екатерины и Карла Леопольда Мекленбург-Шверинского. А виной всему был сын Анны Леопольдовны, русский император без короны и трона, лишенный не только свободы и власти, но и собственного имени. К счастью, самой царевне Екатерине, по желанию дяди выданной замуж за нелюбимого и совершенно чуждого ей человека, стать свидетелем трагедии своей дочери и ее потомства не пришлось. Судьба уберегла ее от этого.
