Тогда в сентябре 1898 г. докладом управляющего Морским министерством № 3525 председатель МТК вице-адмирал И. М. Диков впервые прямо указал на вред совершившейся в предшествующий период (речь,очевидно, шла о И. А. Хлестакове) сверхцентрализации управления судостроением. В результате получилось, что "портовые техники, являясь второстепенными лицами в порту и не распоряжаясь самостоятельно своим делом, не могут за него и отвечать". Для обсуждения предлагавшихся адмиралом коренных и неотложных мер (повышение уровня подготовки инженеров, придание им большей ответственности и самостоятельности, расширение штата МТК за счет двух помощников председателя и др.) была создана особая комиссия.
Первые итоги ее деятельности подвели журналом № 152 от 20 декабря 1899 г., когда МТК предложил оставить за собой решение лишь принципиальных вопросов новой техники, а все остальное, вроде рассмотрения спецификаций или ведомостей окраски, передать в непосредственное ведение строителей. Казенное судостроение предлагалось вывести из подчинения портовым службам и замкнуть его непосредственно на МТК. Отмечалась и сомнительная роль наделенного слишком большой властью, но не отвечающего за технику ГУКиС. Из-за этого МТК часто оказывался в зависимости от "финансовых соображений" этого учреждения, что служило источником "не только задержки, но иногда и не соответствующих распоряжений". Высказывавший это мнение и. о. главного инспектора артиллерии генерал-майор А. С. Кротов считал "единственным, притом вполне правильным и не требующим большой ломки выходом из этого положения" слияние МТК и ГУКиС в единое учреждение. Это мнение подтверждал и большой объем взаимной переписки: в ГУКиС из МТК шло 37% его исходящих бумаг, в МТК поступал – 41% всех бумаг ГУКиС.
И хотя П. П. Тыртов к столь революционной мере оказался не готов ("нигде этого нет, чтобы и техника и хозяйственная часть были ведением одного учреждения", – гласила одна из его резолюций), все же некоторые преобразования в пользу судостроения совершились. Важнейшим из них стало выделение нового судостроения в Петербурге (другие регионы решили пока не трогать) по примеру Балтийского завода в самостоятельную производственную структуру под руководством главного корабельного инженера порта. В его штате предусматривалось два помощника главного корабельного инженера, два инженера-механика, артиллерийский и минные офицеры. Заготовки, заказ материалов и оборудования, оснащение и развитие производства осуществляла особая комиссия под председательством командира порта при участии главного корабельного инженера и представителя государственного контроля. Положение о новом судостроении существенно облегчило работу строителям петербургских казенных верфей. В других портах, даже таких, как постоянно занятый судостроением Николаевский, прежняя архаичная система осталась без изменений.
