С тех пор Ю.Мухин начинает публиковаться в «Правде», «Огоньке», «ЭКО», а в середине 90-х выходят его первые книги: «Путешествие из демократии в дерьмократию и дорога обратно» и «Наука управления людьми в изложении для каждого». В это же время он как бы между делом пишет небольшую книгу «Катынский детектив», в которой разоблачает геббельсовско-горбачевскую фальшивку.
В 1995 году правительство Казахстана передает Ермаковский завод ферросплавов иностранцам. Мухин пытается спасти предприятие. Его увольняют, но прокурор отменяет увольнение. Тогда, чтобы избавиться от Мухина, новые хозяева идут на компромисс: они покупают ему в Москве двухкомнатную квартиру и выплачивают ему зарплату за два года вперед. В Москве Юрий Игнатьевич с головой окунается в общественную жизнь. Он создает газету «Дуэль» с целью объединить вокруг нее элиту России — людей мужественных и умеющих думать. Став редактором, он делает газету уникальным изданием. При этом она готовится без привлечения профессиональных журналистов: сами читатели ведут в газете полемику с одной лишь целью — найти истину.
Как исследователя, Мухина отличает дерзость — он не боится никаких тем, без колебаний берется за изучение подробностей любого интересующего вопроса. Но главное, обладая талантом взглянуть на дело с неожиданной стороны, он приходит порой к настолько оригинальным выводам, что они оказываются откровением даже для специалистов.
Разнообразие поднятых Юрием Игнатьевичем проблем таково, что многие его читатели сомневаются: посильно ли такое одному человеку. Сам же Мухин к своим важнейшим достижениям относит две темы:
1. Гипотеза об образовании жизни и о бессмертии человека после смерти его тела (книга «Не надейся — не умрешь!»).
2. Теория управления людьми (книги «Путешествие из демократии в дерьмократию и дорога обратно» и «Наука управлять людьми»).
Помимо этих тем, считая важным ответить своим читателям на интересующие их вопросы, Мухин вникал и во множество иных проблем. Им исследована, в частности, смерть Б.Н.Ельцина в 1996 году, после чего, утверждает Юрий Игнатьевич, первого российского президента подменили двойники («Код Ельцина»). Нечего и говорить, что от этой темы, как черт от ладана, шарахаются даже самые «храбрые» оппозиционеры.
Им же исследована афера американцев с полетами на Луну («АнтиАполлон: Лунная афера США»). Исследована также афера американцев с небоскребами («Кто завалил небоскребы 11 сентября» и «За державу обидно!»).
