После войны Сталин был обеспокоен ростом авторитета военных, вернувшихся с войны героями. А кто лучше военной контрразведки сумеет с ними разобраться?
Так Абакумов был назначен министром МГБ и с энтузиазмом продолжил работу по очищению армии и оборонной промышленности от вражеской агентуры.
Как-то Василий Сталин пожаловался отцу на плохое качество самолетов. Сталин поручил проверку Абакумову. Абакумов создал дело и посадил наркома авиационной промышленности Алексея Шахурина, главного маршала авиации Александра Новикова, офицеров штаба ВВС. К расстрелу был приговорен маршал авиации Худяков. Вслед за ними по этапу пошли руководители военно-морского флота, в том числе адмиралы Алафузов, Степанов и Галлер.
Абакумов понравился вождю и тем, как умело справился с фильтрацией бывших военнопленных. В конце войны Смерш занимался солдатами Красной армии, попавшими в немецкий плен, и советскими гражданами, оказавшимися на территории Германии по своей воле или по принуждению. Почти все они, (а речь идет о миллионах) прошли через фильтрационные лагеря.
Бывший первый заместитель председателя КГБ СССР Филипп Бобков вспоминал, что в министерстве Абакумова поначалу встретили хорошо: человек свой, начинал с рядовых должностей. Говорили: он настолько близок к Сталину, что даже гимнастерки шьет из того же материала. Министр мог неожиданно заглянуть к рядовому оперативнику, посмотреть, как тот ведет дело, проверить, сколь аккуратно подшиты бумаги. Виктор Семенович многим казался свойским парнем. Любил вечером пройтись по улице Горького пешком, со всеми любезно здоровался и приказывал адъютантам раздавать старухам по сто рублей. Они крестились и благодарили.
Идея производить массовые зачистки в плановом порядке по родам войск была, конечно, замечательной, но Абакумов этим не ограничился. Он начал верстать дела по территориальному принципу. Первым было так называемое ленинградское дело, в ходе которого пустили в расход секретаря ЦК Кузнецова, заместителя председателя Совмина СССР Вознесенского, председателя Совмина РСФСР Родионова, первого секретаря Ленинградского обкома партии Попкова. Впереди был непочатый край работы в столицах союзных республик («дело грузинских националистов» уже близилось к завершению), но Абакумов не останавливался на достигнутом, а одновременно собирал компромат на всех сколь-нибудь известных лиц.
Абакумов преданно исполнял все указания Сталина, и до поры до времени вождя это устраивало.
