В отсутствие Франциска, умеющего духом своим все удерживать в равновесии, эти споры, а также, может быть, еще какие-то мелочи, касающиеся дисциплины, накалили страсти. Лучшим братьям происходящее представлялось если не изменой францисканству, то, по крайней мере, помехой апостольской проповеди и личному совершенствованию.
Один из таких братьев, некто брат Стефан-простец, погрузился на корабль и, застав Франциска в Сан Джованни д'Акри, рассказал ему, что происходит в Италии и поторопил его с возвращением.
Известия обеспокоили Святого, и он пустился в обратный путь, взяв с собой брата Илию, Пьетро Каттани, Чезарио да Спира и некоторых других братьев.
Они высадились в Венеции в первых числах августа 1220 года. Франциск был очень слаб. Убийственный ближневосточный климат подорвал его здоровье.
Начиналась болезнь глаз, которую он нес как тяжкий крест до самой смерти; желудок почти не удерживал пищи.
К этим физическим страданиям прибавились и нравственные. В Болонье он обнаружил, что братья постороили себе каменное жилище, простонародьем называемое «дом братьев», и открыли Богословскую школу.
Поначалу душа Франциска восстала против этого и он приказал всем братьям, включая больных, выйти из этого дома, но потом, узнав, что братья жили там не как владельцы, а как гости кардинала Уголино, успокоился и позволил им снова туда войти.
Он боялся науки. Не сама она своим содержанием внушала ему страх: он чтил и уважал теологов. Но опасался при этом, что наука убьет святую простоту и пробудит беса гордыни в душах его детей. Однако он без колебаний разрешил преподавать священную науку, когда его попросил об этом Антоний Падуанский.
До Центральной Италии Франциск добрался верхом, ибо по болезни не мог иначе.
Папа Римский с его окружением находились в это время в Орвьето, и там Святой вновь встретился с кардиналом Уголино.
Вместе они обсудили дела ордена и приняли необходимые меры против возникших нестроений. Упразднялись привилегии, данные некоторым монастырям кларисс, возбранялось основание нового монашеского братства, до предстоящего в сентябре капитула откладывалось регулирование положений о постах, принятых в отсутствие Святого.
С другой стороны, чтобы ограничить странствия иных братьев, напоминающие бродяжничество, было решено, что для новопоступивших в орден устанавливается год послушничества, как в других орденах, и что все братья должны испрашивать у начальствующих позволения удалиться от места обитания.
